潘光旦就遭到了“救國會”部分學生的圍攻。後來潘光旦被營救，梅貽琦於上午11時召集全體學生於大禮堂，以沉痛的心情予以訓話，報告事件經過，隨後以他特有的幽默風格告誡同學：“青年人做事要有正確的判斷和考慮，盲從是可悲的。以血氣之勇，不能擔當大任的。尤其做事要有責任心。昨天早晨你們英雄式的演出，將人家派來的官長，吊了起來，你不講理，人家更可不講理，晚上來勢太大，你們領頭的人不聽學校的勸告，出了事情可以規避，我做校長的是不能退避的。人家逼著要學生住宿的名單，我能不給嗎？我隻好很抱歉地給他一份去年的名單，我告訴他們的可能名字和住處不太準確。”
最後，梅貽琦懇切地說：“如果你們還要逞強稱英雄的話，我會很為難。不過今後如果你們能信任學校的措施與領導，我當然負責保釋所有被捕的同學，維護學術上的獨立。”言畢，台下響起了熱烈的掌聲。
對這一事件，林從敏進一步解釋說：“事實上潘教務長與學校當局沒有將鼓推學運同學的名單交給軍警特工人員。潘先生，特別是在抗戰時期，倡言民主自由言行，不可能做出這種出賣同學之事。而梅師愛護學生如子弟，隻有言教、身教，不會幫助他人來殘害自己學生。在複校之後，他拒絕官方壓力與要求，不解除吳晗教授聘約，以後甚至通知吳教授及早脫險離去，這才是梅師愛護學生的表現。”
因梅貽琦大禮堂訓話和精神感召，清華學生順利恢複上課，考試課目由各係負責進行。
梅貽琦“是一個很現實的人，他雖不從事實際政治，但他對政治上的潮流卻認識得很清楚”——這是李濟對梅貽琦的評價，也是梅貽琦本人的真實寫照。隻是，在正處於世紀裂變與風口浪尖上的清華，要想做一個合格的校長，或更進一步地做一個師生擁戴的校長，非有其他的本領與強項不可。