梅貽琦“奉召返台”，創辦“清華”原子科學研究院，其實他之所以首先創辦“清華”研究院，並非一時性起，而是經過長期考慮、考察的結果。
戰後科學界已經認識到原子能不僅可以製造駭人聽聞的原子彈，把廣島、長崎瞬間從地球上抹掉，還可能轉變為極其豐富的電能造福於人類。
1954年，美國國會通過一項法案，推廣原子能和平用途，贈送世界各民主國家與地區原子爐一具，價值美金70萬元，美政府負擔半數，另半數以及運費由接受國家支付。
一直支持台灣的美國把捐贈原子爐和技術，作為原子能和平用途推廣計劃的一部分，欲與台灣當局合作，贈送原子爐一具。在這種科學發展趨勢下，於戰爭創傷與災難中複蘇的台灣，急需發展電力以恢複經濟，因而梅貽琦與“教育部長”張其昀多次磋商，終於擬出一個各方皆能體諒的“複校”方針，即為：先恢複“清華大學”研究院，開始先以治原子科學為主，即在台設立原子能研究所。以此為依托，逐漸擴大成由三五個研究所組成的研究院，最後恢複“清華大學部”，成為一所建製完全、教學與研究一流的“大大學”。
這一計劃得到了台灣高層的認可和批準，接下來就是選址、購地、建設校舍。台灣島內許多縣、市頭目聞訊，認為這個突然從天而降的金娃娃應該摟在自己懷中，不能讓它溜到別人的地盤亂蹦狂跳。於是，他們紛紛想方設法找梅貽琦遊說，促使這一計劃在自己管理的一畝三分地生根發芽。
一時間，輿論紛紛，群情矚目，官僚政客懷揣不同目的找上門來施展勾纏之術，搞得梅貽琦難以招架。最後，經過反複勘察、思慮，與政學兩界人士多次協商，梅貽琦將“複校”地址選在了新竹。因為此地距台北市80千米，交通、便利，且地勢開闊，農田住戶較少，便於日後開發。