在梅貽琦的不懈努力下，新竹原子科學研究所初具規模。而這時，正逢台灣當局“行政院”重新組閣，經行政院長陳誠邀請，梅貽琦出任“教育部長”兼原子能委員會主任。
原本按照規定，大學校長不允許兼任政府官職，抗戰勝利後蔣夢麟欲出任行政院秘書長，都必須辭去北京大學校長之職。但此一時，彼一時，退守孤島的國民黨政府已與大陸鼎盛時期不同，須有特定時期的考慮，所以經蔣介石特允，梅貽琦被任命為政務官，仍兼任“清華大學”校長，主持新竹“清華”一切事宜。
按當時台灣教育界主流的說法，梅貽琦之所以答應陳誠的邀請，是因為夾雜著與陳誠多年的情誼和惺惺相惜的意味。
在赴台的國民黨官僚中，陳誠算是與知識分子比較親近的一位。據清華1939級學生鬱振鏞回憶說：“遙想七七盧溝橋事變爆發，平津學校遷湘成立長沙臨時大學，湖南政府主席張治中到校訓話，這位與日軍作戰指揮並無多少幹才、代表國共和談又左右搖擺的國軍將領，在學生麵前卻是一番牛氣哄哄的氣味，劈頭先把大家痛罵一頓，說‘際茲國難當頭，你們這批青年，不上前線作戰服務，躲在這裏幹嗎！’罵得大家都沒什麽好氣”，後來來了陳誠將軍，則把大夥喻為國寶，說國家雖在危難之中，但十年生聚十年教訓，國家以後的命運，全在我們這班青年身上。說得大家飄飄然。當時三位校長，好像隻有梅校長住在校內辦公，紀念周時講話，還是與在清華時一樣的神態”。
從這段回憶中，就可以看出陳誠對知識分子的敬重。
南京淪陷後，國民政府軍政機關大部分遷至武漢，陳誠任湖北省主席、武漢衛戍司令和第六戰區司令長官，負責武漢三鎮防務。他主政湖北期間，曾仰慕晚清重臣張之洞督鄂期間的“教育鼎盛”，決心挽救逐年衰落的湖北教育。第一件大事就是合並湖北全省47個省、市私立中等學校而成為一個聯合中學，自任教育廳長兼校長。