蔡家世代經商，蔡元培在十八歲之前，從未離開過自己的家鄉。最初，他也跟自己的同代人一樣，接受了傳統的學習方式，但在接受教育的過程中，蔡元培出色的學習能力和自我成長能力使得他漸漸的改變了思想觀念，從而也改變了他的人生方向。
蔡元培自小由乳娘陳氏撫養，兩歲時就顯現出了與眾不同的一麵。有一次，乳娘帶他們幾個孩子一起下樓玩，因為是一人帶著好幾個孩子，遇到其他事情要處理時，混亂之間竟然忘記了小阿培。你猜怎麽著，兩歲的小阿培一直坐在樓梯口安靜地等待，沒有害怕或者哭泣，直到乳娘後來急匆匆的回來找到他。
1873年，六歲的蔡元培正式進入家裏開設的私塾，開始跟著先生習字讀書。按照輩分的先後，他的學名被定為“元培”，六叔給他取名為“鶴卿”。周先生是蔡元培私塾的第一任老師，當時上課是很講究規矩的：先生坐著，學生站在先生的旁邊；先生先讀，然後學生跟著讀，接著學生再回到自己的位置上一起朗讀。就這樣，蔡元培先是跟著先生學習了《百家姓》、《千字文》和《神童詩》等啟蒙讀物，然後又學習了四書。
在私塾，除了讀書，還有習字和對課兩門功課。習字的方式有幾種，一種是指用毛筆在紅印範本上描紅，一開始先生會把住學生的手腕，教他們用筆的技巧，還有正確的筆畫順序。第二種是用紙蒙在墨印或者先生寫的範本上麵進行摹寫。再進一步的話就是臨寫，指選取名人的帖子來認真看熟，不再臨摹，而是自己在另一張紙上模仿著寫出來。
對課指的是老師跟學生對仗，老師出多少字，學生就要對多少字。要求名詞對名詞、動詞對動詞，不僅詞義要相似，詞性也要求相近。比方說，天對地、山對水、花紅對柳綠等等。對課不但是作文的開始，也是作詩的基礎。對到四字的時候，先生開始教平仄的相對，要求學生作對子時，用平聲對仄聲、仄聲對平聲。直到四字作對合格後，才能學作五言詩。蔡元培天性聰慧，很喜歡對課這種靈活變化的形式，學得津津有味。