1894年下半年，蔡元培正式到翰林院供職，開始了在京城當官的日子。但世事難料，蔡元培剛開始他的京官生活不久，國內的政治形勢就發生了巨變。
1894年6月，日本軍隊進入朝鮮；7月25日，中日甲午戰爭爆發。地理麵積隻有中國一個省那麽大的日本，也企圖像西方列強一樣，用槍炮打開大清帝國的大門，掠奪物資和土地。經過大半年的戰爭以後，中國的北洋海軍全軍覆沒。1895年4月，中國被迫同日本簽訂了喪權辱國的《馬關條約》，條約規定中國不僅要割讓遼東半島、台灣島及其附屬各島嶼、澎湖列島給日本，還要賠償日本2億兩白銀。同時中國還增開沙市、重慶、蘇州、杭州為商埠，並允許日本在中國的通商口岸投資辦廠。可以說《馬關條約》使日本人直接嚐到了侵略的甜頭，進一步刺激了他們的侵略野心。
《馬關條約》的簽訂，不僅對中國造成了沉重的打擊，也給蔡元培這樣的敏感知識分子造成了極大的衝擊。當時的蔡元培，作為朝廷官吏雖然對戰爭的情況了解得比較清楚，但他從小受到的教育是“兩耳不聞窗外事，一心隻讀聖賢書”，在經曆了這一切後，對當時的現狀和未來產生了深深的無力感。他也把這一切和自己的感受記在了《雜記》裏，認為極端腐敗的清政府，承載不起國民的信任，國將不國！
1895年10月，蔡元培為了支持主戰派，開始跟翰林院中的一些有誌之士一起商量，由他親筆給朝廷寫了奏章，大意是敵情變化難以預測，要大家齊心協力想出妙計來消除對方的挑釁，才能保國土和人民安全。他還告誡朝廷不應該依靠求和這種方式，如果打不過就求和的話，國家將一蹶不振。蔡元培也引用了兵法裏“善敗不亡”的名言，意思是隻有善於應對敗局者才不會滅亡，鼓勵清政府要保持清醒，從失敗裏麵吸取教訓，再去努力找到轉敗為勝的方法。但他這些奏折都石沉大海，懇切的請求也沒有得到清政府的正麵回應。