政治形勢的巨變給蔡元培的思想帶來了極大的衝擊，初步改變了他的思想和看法。他請假一年，回到了自己的故鄉。在故鄉的這段時間裏，蔡元培讀書的內容逐漸發生了變化。他對西學新知產生了濃烈的興趣，專心研讀了許多在別人眼裏看起來晦澀難懂的科學書籍。通過閱讀這些書籍，他了解了國外科學和文化的發展，更進一步認識到了祖國當前的落後現狀。
1896年，蔡元培的長子阿根出生了。蔡夫人在1897年初夏帶孩子來到北京，蔡元培為了能夠多陪伴孩子和家人，搬出了會館，跟家人暫時居住在方略館裏，不久又搬到繩匠胡同寓所。身邊有了家人和朋友的他，從此在京城過上了穩定的生活。
然而，這種安定的生活並沒有持續多久。變法失敗後，蔡元培身邊支持維新變法的朋友們，大部分都被革職，甚至被朝廷下令永不再用。此時的蔡元培對在京城當官的生活感到厭倦不已，於是做出了人生的另一個重要決定——放棄京城的職位，帶全家南下，另尋一條能施展自己才華的出路。
1898年的秋天，蔡元培回到了家鄉。雖然家鄉沒有京城那麽繁華，卻令他感到分外親切。那塊寫著“翰林第”的門匾讓他回想起往昔的榮耀，雖然此刻四年半的京官生活已經過去，但他身上的書生本色仍然不變。關於未來，蔡元培的心裏有一個清晰的方向—那就是投身教育。他親眼目睹維新黨的慘烈失敗，意識到隻有投身新教育，才是報國的正確方向。
說幹就幹，回到故鄉半個月以後，蔡元培就接受了請他擔任邵郡中西學堂校長的邀請。這個學堂是徐樹蘭向政府申請公款而建造的，創立於1897年，徐樹蘭自己兼任校董，蔡元培當校長主持校內事務。學堂位於龍山腳下，已經收了三十多個學生，大概是在小學高年級到中學的教育程度。學堂裏的教師基本都是當地才能出眾的人，學堂裏麵開設了兼具中西學問各種種類的課程，比如經史子集的研學，又有西洋的物理和外語等。這在當時也算是比較先進的學校了。