蔡元培離開京城以後，展開了新的人生旅程。他積極投入教育工作，這一切努力都為日後的辦學起到了導向的作用。
1901年，34歲的蔡元培經人介紹，到南洋公學擔任特班教習。南洋公學是西安交通大學和上海交通大學的前身，由清末官員盛宣懷在1896年創建於上海。當時南洋公學的校址在上海徐家匯，就是今天上海交大所在的地方。那什麽是特班呢?在義和團事件後，清政府推行新政，盛宣懷因此在南洋公學增設了“特班”，特班之所以叫“特”，是因為這個班裏都是經過選拔、國學功底深厚的學生。“特班”的目的就是為了培養精通國內外事務的新型官員。關於課程的設置，盛宣懷參考相關資料，確定選修課的門類包括哲學、政法、外交、財經、文史、教育和自然科學等等，學生需要選修其中的一到兩門，在規定時間內上交學習筆記；蔡元培負責指導這個班的學生，輪流跟他們談話或者當麵指導，還有每月對學生們進行考核。
蔡元培的教學思路廣闊，致力於培養和發展學生的多方麵才能。他不僅教導學生關於民權和愛國的思想，還鼓勵他們放眼世界，不要局限自己。在這樣自由的氛圍中，學生們更加努力的去汲取新的知識，他們中除了學習英文的，還有願意學習日文的，雖然蔡元培不會說日語，但能看得懂，所以就教學生們試著翻譯日文書。蔡元培說過這樣的話：“今後學人，領導社會，開發群眾，須長於言語。”他強調表達和口才的重要性，在課餘時間常常組織學生練習演講和辯論。由於他為人耐心，對學生循循善誘，頗有為人師表的風範，因此受到了學生們的喜愛和尊敬。
1899年，近代著名出版家和教育家張元濟應盛宣懷的邀請，擔任南洋公學譯書院院長。他和蔡元培誌同道合、一見如故，經常徹夜暢談，非常愉快。兩人還商量合資辦報，把外國報刊對中國的評論和報道翻譯後出版，取名為《開先報》，後來改名為《外交報》。蔡元培還給這份報紙寫了介紹，對大眾說明了辦報的目的。之後張元濟投資商務印書館，又建議設立一個編譯所，編譯所第二年成立後張元濟就推薦蔡元培去當了編譯所所長。