蔡元培從日本回國後不久，南洋公學就爆發了一起大學潮運動。
事情發生在1902年11月14日，五班的學生伍正鈞誤把一個墨水瓶放在了南洋公學思想保守的校教務長郭振瀛的桌上，郭振瀛頓時大怒，他認為這是學生故意在諷刺他“胸無點墨”，當場大聲斥罵伍正鈞不尊重師長。事情鬧大了以後，學校宣布開除伍正鈞，還要給班上所有的學生記大過的處分。全班同學無法接受這種決定，去找學堂總辦汪鳳藻，要求辭退郭振瀛並收回開除和處分的決定，但被汪鳳藻拒絕了。11月15日，這個班的學生決定全班退學。學堂總辦還以“五班學生聚眾開會，倡行革命，著全體一律開除”的內容發出公告，一時間引起全校學生不滿，200多名學生以罷課抗議，聲援五班。
蔡元培被派去處理這件事情，但他發自內心地同情學生，認為他們能夠學有所成才是當前最重要的事情，所以召集特班的學生，建議大家自動組織起來，擴大容量，再去招募更多有誌求學的學生來更好地進修。學生們堅決要求學校收回成命，並退一步願意等到第二天早上十點；但學校寸步不讓，於是在第二天的下午中院6個班加上特班的學生一共兩百多人，一路高呼“祖國萬歲”的口號，列隊離開。最終，145名學生從南洋公學退學。這就是曆史上有名的南洋公學學生退學風潮，史稱“墨水瓶事件”。
為什麽會發生這樣的事情呢？前麵我們講到，南洋公學的課程設置雖然是一流的，但學校政務製度仍然專製又守舊。因此，學生們在新思潮的影響下早已萌發的自由意識與專製製度產生了矛盾，最終導致了這次大學潮運動。蔡元培在這次公開的抗爭中，站在了學生們正義的一方，他出麵跟當局交涉，希望能改變對學生們的處分，但未能成功。於是蔡元培與學生們共進退，也毅然辭職離開了南洋公學。