東北的元軍雖然降附，還有女真族的問題亟待解決。女真這一少數民族原是金人的後裔，依地理分布，大致分為建州、海西、野人三種。朱元璋采取軍事和政治雙管齊下的政策，軍事上封韓王於開原，寧王於大寧，控製遼河兩頭，封遼王於廣寧(今遼寧北鎮),建立三個軍事中心，作為阻止元軍和女真族進攻的重鎮。政治上采取羈縻政策，對東北地區諸女真部族，遣使用金帛個別招撫分立為若幹羈縻式的衛所，使其自成單位，分而治之，給予各部族酋長以衛所軍官職銜，許其秉承朝命世襲，並各給璽書，作為進貢和互市(做買賣)的憑證，滿足他們物資交換的經濟要求。這樣，女真族就依地理分布成為若幹衛、所，不相隸屬，任何一個單位都沒有力量單獨進攻內地了。到明成祖時代，越發積極推行這個政策，轄地到現在的黑龍江以北，直到庫頁島和以北地方，增置的衛所連同舊有的共有一百八十四衛，並設立奴兒幹都指揮使司。由朝廷派遣軍官鎮守。
遼東平定後，大一統的事業完全成功了。和前代一樣，這大一統的皇朝和許多鄰國建立了交往關係。從東麵算起，洪武二十五年(1392)高麗發生政變，大將李成桂推翻親元的王朝，自立為王，改國號為朝鮮，成為明皇朝最親密的鄰國。其他有政治，文化和經濟交往的國家，東南有琉球國，西南有緬甸、安南、真臘、占城、暹羅和南洋群島諸島國。內地和邊疆則有許多羈縻的部族和土司。
明皇朝對周圍鄰國的友好關係建立，是通過使臣的互相聘問，土產物資的互相贈送來進行的。各國的內政都是自主的。為了和海外各國進行物資交換，在沿海地區特開通商口岸，主持通商和接待外國商船的衙門是市舶司。洪武初年指定了三個通商口岸，寧波市舶司通日本，泉州市舶司通琉球，廣州市舶司通占城、暹羅和南洋諸島國。