對僧道的政策也是從農業生產出發的，盡管他自己當過和尚，做了皇帝以後，卻用法令限製僧道數量的發展。洪武六年(1373)十二月，他認為釋老教行，佾道日多，蠹財耗民，莫此為甚。下令全國府、州縣隻存大觀、寺一、僧道並處之。非有戒行通經典者不得請給度牒。又禁女子年四十以下為尼者。洪武十七年(1384)全國僧道數二萬九百五十四人，他以為太多了，其中有很大一部分是為了逃避差役的，規定三年一次出給度牒，嚴加考試。洪武二十年(1395)八月做了更嚴格的規定： “民年二十以上者不許落發為僧。年二十以下者來請度牒，俱令於在京諸寺試事三年，考其廉潔無過者，始度為僧。”洪武二十七年(1394)正月，又命禮部榜示全國： “僧道有妻妾者，諸人許捶逐，相容隱者罪之。願還俗者聽。亦不許收民兒童為僧，違者並兒童父母皆坐以罪。年二十以上願為僧者，亦須父母具告，有司奏聞，方許，三年後赴京考試，通經典者始給度牒，不通者杖為民。”洪武二十八年十月，以全國僧道數多，皆不務本教，令赴京考試，不通經典的一律開除。年六十以上的免試。規定一步步加嚴，僧道的數目比元朝大大地減少了，用於僧道的朝廷和民間的費用，也大大地減少了，農業生產勞動力相應地增加了。並且，僧道從此不許有妻有妾，和世俗人民有了顯著的區別了。