唐太宗畢竟是封建帝王，他在健全科舉製的同時，也輔之恩蔭製。這裏講的“恩蔭”,不包括經濟上的庇護，而是指貴族官僚的子弟憑借父、祖的官爵而享有做官的特權，即指政治上的庇護。顧名思義， “恩”者，皇恩也； “蔭”者，樹蔭也，即蔭庇也。所謂“恩蔭”,顯示在浩**的皇恩之下、象征父祖的官職像樹蔭一樣庇護子孫進入仕途。正如官職與樹蔭有大小樣， “恩蔭”也有等級之分，本官大者，蔭人也多，蔭職也顯；本官小者，蔭人也少，蔭職也微。貞觀時期，雖說“盛開選舉”,但恩蔭製一直是相輔而行的。
唐初的蔭官繼承隋製，所謂“敘階之法，有以資蔭”,規定一至五品的官員；都可蔭及子孫做官，其中三品以上的最高級官員除蔭子孫外，還可蔭及曾孫。三品以上多屬宰相以及勳戚之流，他們一人當官，四代沾光。
可見，恩蔭是維護最高統治集團利益的封建等級特權。唐太宗製定恩蔭製，說明他同前代帝王一樣，是維護封建等級特權的。在特殊情況下，為酬功臣，甚至對其子弟格外開恩，還授職蔭官之上。
如貞觀十六年，功臣兼名將段誌玄病危處於彌留之際，唐太宗親臨病榻，涕泣而別，為慰將亡之靈，預許“當與卿子五品”官銜，誌玄要求“回授母弟誌感，太宗遂授誌感左衛郎將。”誌玄為右衛大將軍，官居正三品，按“資蔭”敘階之法，蔭子不得五品；而且蔭子不能轉而蔭弟，查《舊唐書·職官誌》二載： “左右(衛)郎將各一人，正五品上。”可見，太宗授職五品，沒有食言。這個例子，說明他並不完全按恩蔭製規定辦事，有時甚至還以皇權恣意橫行。
唐太宗試圖實行的功臣世封刺史，實質上也是他“資蔭”思想的引申與發展；對建立軍功的將領蔭以其子爵位，本質上亦為他的“資蔭”思想的衍化，所有這些無不是他濃厚的“資蔭”思想的反映。