大業五年(609)春三月，閑不住的隋煬帝又開始了第二次巡遊江都，但他為這次巡遊先做了充分的準備工作，大業五年就大興土木建築了江都宮，而其隨從隊伍和排場也肯定不會亞於第一次，龍舟船隊又是綿延幾十裏，兩岸車馬簇擁而行。隋煬帝寫了一首《早渡淮詩》:
平淮既淼淼，曉霧複霏霏；淮甸未分色，泱瀟共晨暉。晴霞轉孤嶼，錦帆出長圻；潮魚時躍浪，沙禽鳴欲飛。會詩高秋晚，愁因逝水歸。
大概就是這次巡行路上寫的。
這次巡行江都和大業元年(605)首巡相距已有五年，五年中隋煬帝威服四夷，被突厥尊為“聖人可汗”,威加四海，春風得意。
在江都宮，隋煬帝適時地把注意力用在了對南方蠻俚等少數民族的撫慰上。由於民族融合進展緩慢，南方濕熱，北方人不適應其氣候，如貝州配防嶺南的罪徒千人，至嶺南後， “遇瘴癘死者十八九”。不服南方水土使北方關隴人士把嶺南視為畏途。而江南腹地的蠻、僚、俚、越各族人民入隋後仍不斷反隋。
大業四年(608),黔安郡(治今四川彭水縣)蠻人向思多起義，殺隋將鹿願，圍攻太守蕭造，隋煬帝派左武衛將軍周法尚、加右武衛大將軍李景分路進討，雙方激戰於清江，向思多戰敗，造反者被殺死三千餘人。黔安郡前稱黔州，與鄂西清江郡(治今湖北恩施)接近，清江統縣五：鹽水、巴山、清江、開夷、建始，有戶二千六百五十，乃今土家族先民聚居區。向思多起義失敗後不久，又爆發了黔安夷酋田羅駒領導的起義，他們沿清江設防，夷陵諸郡民夷多響應，隋煬帝又派郭榮率重共前往進剿，幾經努力才將義軍打敗。大業六年(610)十二月，珠崖(海南島)人王萬昌發動俚人起義，時海南島上的珠崖郡統有十縣，有編戶兩萬多為土著俚人。這時，隋煬帝正在江都，即遣從駕的隴西太守韓洪前往鎮壓，王萬昌被鎮壓後其弟王仲通又舉起義旗，隋煬帝再次詔韓洪征討。他在江郡發布命令，將珠崖郡析為珠崖、儋耳、臨振三郡，以加強對海南島的政治控製，使海南島與內地的聯係進一步密切了。為了鎮撫俚越，隋煬帝還特地將曾任桂州總管十七州諸軍事、任上使“民夷悅服”的侯莫陳穎再調往嶺南，出任南海太守。