比台省合一更具影響的政治舉措是奏折製度的全麵施行。
奏折是後發展起來的官文書，在此之前，地方官有事稟報皇帝，凡係地方公事，用題本，若係個人私事，則用奏本，前者蓋官印，後者不用印。兩種文體都交由通政司進呈，在皇帝觀覽之前，已先由有關官員看過，因此這兩種文體的奏章，是公開的，不是隻有皇帝拆閱的秘密奏疏。這樣的文體，有些事情官員不便奏聞，皇帝想知道的從中得不到，不利於下情上達。
這本是明朝製度，清朝沿襲以來，皇帝感到不便，據記載，在順治年間產生了補救的文書——秘密奏折，但今天見不到實物，不能證實。而在康熙三十二年(1693),它已確實存在了。今存蘇州織造李煦在那年七月奏報蘇州得雨、糧價和民情的折子，康熙見奏後，朱筆批示“五月間聞得淮徐以南時暘舛候，夏澤愆期，民心慌慌，兩浙尤甚。朕夙夜焦思，寢食不安，但有南來者，必問詳細，聞爾所奏，少解宵旰之勞。秋收之後，還寫奏帖奏來。凡有奏帖，萬不可與人知道”。由此可知，不得讓第三者知道的奏章，是秘密的，不是題本、奏本；這種文字，當時叫作“奏帖”;它的要點，是在一個“密”字。康熙在江寧織造曹寅於康熙四十三年(1704)七月二十九日的奏折上朱批：“倘有疑難之事，可以密折請旨。凡奏折不可令人寫，但有風聲，關係匪淺。小心，小心，小心，小心!”康熙於再立允仍後，聽到有不同的輿論，苦於不知其詳，因在李煦的奏折上寫道：“近日聞得南方有許多閑言，無中作有，議論大小事。朕無可以托人打聽，爾等受恩深重，但有所聞，可以親手書折奏聞才好。此話斷不可叫人知道，若有人知，爾即招禍矣。”奏折人李煦、曹寅，都是康熙皇帝的家奴，而且是親信。康熙四十年(1701),江蘇巡撫宋犖的奏折，由李煦代呈，這表明當時具有寫、呈奏折權力的人，不在官階，而在同皇帝的關係。康熙五十一年(1712),康熙諭領侍衛內大臣、大學士、都統、尚書、副都統、侍郎、學士、副都禦史等，說他有聽不到的話，常令總督、巡撫、提督、總兵官、將軍在請安折內，“附陳密奏，故各省之事不能欺隱”。因令這些官員也於請安折上， “將應奏之事，各罄所見，開列陳奏”。並表示代為保密，原折朱批後發還。這說明在康熙晚年能上奏折的官員增多了。所以說，康熙朝密折已經產生，大多數的情況是官員利用請安折子，密陳地方官民動態，內容尚不甚廣，能夠書寫奏折的官員也不太多，因而還沒有形成嚴格的奏折製度。