雲南、貴州、廣西以及同它們鄰近的湖南、湖北、四川居住著許多少數民族，他們經濟落後，生產方式不同，與中央政府關係疏密不一。大體上說，元、明以來，實行土司製度，土司管轄各該民族，他們的承繼行世襲法，然需中央政府批準；土司在內部自行征納賦役，僅向中央進貢少許銀物；土司自定成文的和不成文的法令，對屬民生殺予奪，中央政府概不過問，在這裏實現的是土司的意誌，而不是中央的政策。還有一些少數民族，連中央政府承認的土司也沒有，隻受該族頭人的統治，可以說是土舍製。但他們往往受鄰近的土司控製。
土司、土舍是大大小小的割據者，因而產生中央要加強對他們轄區的統治與他們維護舊製度的矛盾。明朝以來，中央政府就在條件成熟的地區，取消土司世襲製，設置府廳州縣等地方政權，派遣一定時間進行調換的流官前往治理。這就是改土歸流。這種辦法，明朝和清初偶或實行，所以土司製嚴重的問題仍然存在著。到雍正統治時期，由於弊端的積累，暴露得更清楚了。
土司對屬民任情役使，賦稅是“一年四小派，三年一大派，小派計錢，大派計兩”。他們掠奪的遠比向中央進貢的銀子多得多。土司恣意虐殺屬民，對犯其法而被殺害者的家屬，要征六十兩、四十兩、二十四兩不等的銀子，還名之曰“墊刀銀”,真是凶惡至極。
土司之間，為了爭奪土地、人畜，互相廝殺，經年不解，世代為仇。如廣西西隆州古隆地方土司王尚氏等與貴州普安州捧酢地方的土司阿九等常年爭奪歪染、烏舍、壩犁、魯磷等寨，雍正二年(1724)告到官府，因事涉兩省，地方官互相推諉，到雍正四年(1726)還沒有審理。又如湖南永順地方的諸土舍，於雍正元年相互仇殺。
明代土司還發動過對中央的戰爭，清代雖無此事，但土司、土舍到鄰近州縣搶劫，屠殺漢民的事卻屢屢發生。於是出現雙重矛盾，一是土司屬民與漢民的對立，屬民往往成群結夥騷擾漢民，有的在夜間乘人不備，焚屋屠戮，但他們又害怕漢民，一離開村寨，就怕被漢人殺害。土民、漢民問題基本上還是土司造成的，土司與地方政府也是矛盾重重。有的漢人犯罪，逃匿土司，為其保護，州縣官隻有“用銀錢買求”,才能得到，這就破壞了地方政府的司法權。有的地方官無端欺淩土司，土司繼承，需要州縣官轉呈，有的州縣官借機勒索，否則多方刁難。有的土司向州縣官送禮，若被上司知道，州縣官反誣土司行賄鑽營，若不送禮， “則加以傲抗之名，振拾小事，申報上司”,使土司左右不是。有的地方官向土司要錢，致使土司不敢到府縣城裏，怕被拘留勒逼。這些弊病，令土、漢民遭殃，致使中央政令不能統一貫徹，因而導致地方吏治敗壞。