康熙二十八年(1689)簽訂了《尼布楚條約》,劃定了中俄東段邊境。但是沙俄殖民主義者繼續實行其對外侵略政策，蠶食中國領土，對喀爾喀蒙古地區的侵蝕更其嚴重。與此同時，引誘中國邊民，製造叛逃事件。清朝政府為了製止沙俄的領土侵略，多次行文俄國，要求雙方舉行談判，劃定疆界，俄國拒不回答，以事拖延。康熙三十二年(1693),俄國使臣義傑斯抵京，以未奉沙皇訓令拒絕談判邊界問題。康熙五十六年(1717),康熙說，關於議定中俄喀爾喀蒙古地區的疆界，給俄國去信十餘年，至今沒有得到答複。《尼布楚條約》規定，雙方可以開展貿易，俄國人企圖通過商業對中國進行掠奪。康熙三十二年(1693),清朝政府定例，允許俄國商人到北京做買賣，三年進行一次，每次不得超過二百人，在京不得超過八十天，一應貨物俱不納稅，犯禁之物不準交易，商人路費自理，在京期間不供給夥食。雖是這麽規定了，但對俄國商人往往給予優待，如康熙所說，對前來的數百人的商隊， “俱令乘驛，送至京城，留住數月，給予廩食，飼喂馬匹，諸事應付，所費錢糧甚多”。康熙四十九年(1710),康熙命原任大學士馬齊管理俄國商人事務。康熙統治前期，大清政府以俄人組成俄羅斯佐領，屬鑲黃旗，康熙賜予寺院，他們擅自改為東正教教堂，有神父。《尼布楚條約》簽訂後，俄國要求派人到京城學習滿文和漢文，俟學成之後換回，再派人來。清朝政府於翰林院下設俄羅斯學，派人教育俄國學生。俄國教士、學生，都住在俄羅斯館內。
《尼布楚條約》簽訂前後，正值清朝政府同準噶爾部噶爾丹集團作鬥爭。康熙五十一年(1712),是準部策妄阿拉布坦集團向清朝進攻的前夕，康熙想聯絡在半個多世紀前被準噶爾人壓迫遷徙到伏爾加河下遊的土爾扈特人，打算派遣使團前往探望，需要假道俄國，俄國為了發展它的對華貿易和派遣傳教士來華，同意為清朝使團提供方便，同時要求允許俄國增派傳教士來京。結果是圖理琛使團去土爾扈特部，於康熙五十四年(1715)回國時帶來俄國修士大司祭。康熙末年，清朝政府同策妄阿拉布坦進行戰爭，俄國政府妄圖誘迫策妄阿拉布坦臣服於它，嚴重幹涉中國內政，激起清廷的憤怒，康熙六十一年(1722),通知俄國商隊離開北京，並不得在蒙古地區的庫倫進行貿易，拒絕俄國派遣來華的庫爾齊茨基主教入境。這些事實說明，康熙統治時期的中俄關係中，除清朝政府和沙俄政府雙方外，還涉及到中國的準噶爾人和居住在伏爾加河下遊的土爾扈特人，俄國政府力圖把土爾扈特人役為屬民，陰謀利用準噶爾叛亂勢力侵占中國領土與臣民。值得注意的問題正在這裏。1700年前後的半個世紀太和殿垂脊琉璃小獸裝飾中，準噶爾分裂勢力猖獗，攻打喀爾喀，控製西藏。康熙皇帝為了盡快割斷俄國殖民主義者與準噶爾分裂分子的聯係，為了遏製俄國的侵略，爭取同俄國早日簽訂條約，為此被迫作出了一些讓步，俄國殖民主義者以支持準噶爾分裂勢力為籌碼，與清朝政府討價還價，攫取侵略利益。清朝政府對付俄國侵略者的手段，主要是停止貿易和拒絕接受俄國教士。