自古皇帝對佛教內部事務的經管，曆來多寡不一。雍正的幹預之多，在許多方麵超過了其他帝王。主要表現在任命寺院住持，擴建，修繕梵宮，賜予佛徒封號，反對僧衲中的“邪說”等方麵。
雍正認為要扶持禪宗， “仍擇宗門法侶具正知正見者，為之表率倡導”,也就是說要使用他認為是正道僧侶持掌寺院事務。如允祥、弘曉父子重修香山臥佛寺成功，因禪師超盛在當時“宗徒內無有出其右者”,特命其去掌法席。又如北京護國寺修繕竣工，雍正選擇玉林琇的徒孫超善去充任方丈。
雍正在晚年大量修繕古刹名寺。江南荊溪(今宜興縣)崇恩寺，係玉林琇國師，溪森禪師傳法之所，雍正以該寺規模較小，容納桑門有阻，於雍正十一年(1733)加以擴充，增建殿宇。浙江紹興報恩寺是玉林琇開堂之所，為傳其法，予以維修。浙江舟山普陀山是所謂觀音大士示現的聖地，該處普濟寺，建於後梁，曆代維修，雍正特發庫帑，派專官董理修飾，同時修繕了普陀山的法雨寺。南嶽衡山是雍正的主壽山，湖南巡撫趙弘恩奏請動用庫銀修葺，以為皇上祝壽。雍正說為朕延壽不必進行，但為崇祀江河山之神則可以，批準了他的建議。華山佛宇遭火災，雍正命江南督撫供給錢財，不計數量，務必恢複原狀，因此佛寺及道觀均修葺一新。他所維修的蘭若，一類是佛教聖地的名寺，再則是他所表彰的玉林琇一派的修行之處，表現了他提倡佛教宗派。
雍正十一年(1733),雍正表彰他認為的聖僧，賜予封號。授鳩摩羅什高足僧肇為大智圓正聖僧禪師，溈仰宗的創始人靈祜及其弟子慧寂分別封為靈覺大圓禪師、真證智通禪師。雍正說這些名僧闡揚佛旨， “救拔群迷”,千百年後帝王旌獎他們，希望時下釋徒力求奉信正宗正論。