雍正打算懲治隆科多早於年羹堯，同時挨整，處理在後。
作為密勿大臣的隆科多，專斷攬權，在吏部，司官對他“莫敢仰視”,公事唯其命是從。人們對他經辦的銓選，稱為“佟選”,可見他執掌用人大權。在這裏，他忽視了觸犯天子權力的問題。在其他方麵，他也有不檢點的地方。有一天，果郡王允禮進宮，隆科多看見了，起立表示致敬，允禮沒有注意到，與他同行的領侍衛內大臣馬爾賽告訴他，他遂欠身而過。在康熙時，隆科多見到皇子都跪一足問安，而這時對雍正的親信弟兄允禮尚隻起立不跪，對其他皇子也不如從前恭敬了。馬爾賽知會允禮隆科多起立了，意思是讓允禮向對方回禮，這也是向隆科多討好。這件事，反映了隆科多在兩朝地位的變化和他的驕滿情緒。
隆科多預料自己地位不穩固，在許多事情上都留有後手。雍正好行抄家之處罰，隆科多怕輪到自己，早早就把財產分藏到各親友家和西山寺廟裏。他不相信雍正會永遠信任他，這樣一來，讓雍正皇帝知道了，因而留下了不守人臣大義的罪柄。隆科多在雍正二年(1724)主動提出辭掉步軍統領兼職，雍正就此事告訴年羹堯“朕並未露一點兒，連風也不曾吹，是他自己的主意。”又說“鞏泰近日與舅舅亦不甚親密”,想用他接替隆科多。選擇這樣的人，分明是不讓隆科多再對這個職務發生影響。他說不是自己要隆科多辭職，實是欺人之談，隆科多之所以自動提出，也是感到自己與雍正的關係大不如前了，不再適合擔任這個官職了，就以辭職爭取主動。由此可見，隆科多亦專擅威福，然而有所克製，絕不像年羹堯那樣肆無忌憚。
雍正也容不得隆科多，在前述二年十一月十五日數說年羹堯時就捎上了隆科多，此後往往把他倆並提，雍正三年(1725)五月二十二日將隆、年之奸曉示廷臣，主要內容是責備隆科多，說他屢參允裸，定要將之置於死地，而包庇鄂倫岱、阿爾鬆阿、都統汝福，是要把允裸之人網羅為他的黨羽。同年六月，雍正懲治年羹堯之子年富，撤銷隆科多次子玉柱的乾清門頭等侍衛、總理侍衛事、鑾儀衛使等職。那時，吏部議處年羹堯妄參金南瑛之罪，先後提了兩個處理意見，前議過輕，後議又過重，雍正說如此錯亂，他人斷不敢為，必是“舅舅隆科多有意擾亂之故”,就令都察院嚴加議處。庇護年羹堯，幹擾對該案的審查，這件事被雍正看得很重。於是，革去他的太保銜及一等阿達哈哈番世職，命往阿蘭善山修城墾地。雍正還特地指示署理涼州總兵宋可進： “隆科多亦如年羹堯一般貪詐負恩，攬權樹黨，擅作威福”,他到你處，盡管你曾經是他的屬員，但“似此誑君背主小人，相見時不須絲毫致敬盡禮”。這時雍正把隆科多與年羹堯一樣看作是結黨擅權的奸臣，隻是在處理上區別對待，有先有後而已。