日本自大化改新以後建立的國家政權，是以天皇為中心的皇室貴族政權；而鐮倉幕府開始的幕府政權是軍事封建主的政權。盡管兩者都屬封建統治，但不僅性質上有區別，而且這兩種不同性質的政權曾長期並存，在幕府政權存在的同時，天皇政權以院政的形式存在：這是由於在日本曆史發展進程中，武士的社會影響以及與皇室貴族之間的矛盾離合、勢力消長所致。
11世紀的日本，封建貴族內部鬥爭激烈。在中央政權中，分為皇室和外戚兩大集團。由於他們都缺乏軍事實力，就不得不拉攏地方武士；而這時的武士勢力又以本州東部的源氏集團和本州西部的平氏集團為最強。他們也都卷入了當時鬥爭的旋渦。在鬥爭中，天皇與外戚兩敗俱傷；中央政權落入平氏集團之手。平清盛的官邸設在京都的六波羅，故稱他的政權為六波羅政權，這是從皇室貴族政治向武家政治過渡的政權。
平清盛掌握了中央政權，由於上層統治者的蛻化，引起下層武士的不滿，這就給源氏集團提供了奪取政權的良機。在源、平兩氏鬥爭中，源賴朝於1180年（治承4年）的椎模石橋山之戰中失敗，逃入鐮倉。鐮倉是物產豐富的魚米之鄉，地勢險要的戰略要地，也是源氏經營多年，與當地武士有密切聯係的地區，因此，源賴朝以此作為據點，與平氏作鬥爭，並致力於建立起自己的政權。1180年10月，源賴朝經富士川會戰，大敗平清盛大軍，被尊為“鐮倉殿”。平源相爭又經1184年（壽永3年）攝津的一穀和1185年（文治元年）潢歧屋島的會戰，最後源氏軍隊在長門的壇浦戰爭中全殲平氏軍隊，平氏政權覆滅。源賴朝在這些源平會戰中，隻是指派其弟源義經、源範賴出征，自己駐守鐮倉，從事政權建設。1183年（壽永2年）源賴朝向院政上奏，提出三條意見： （一）平氏強奪神社佛寺的田地應如數歸還原來寺社； （二）院宮諸家領如被平家擄掠的也應歸還本主； （三）對歸降回來的平家武士諒解其罪，不可處斬。這個上奏得到天皇的支持，於同年10月14日頒布了《壽永宣旨》，承認源賴朝在東海、東山兩道的統治範圍，承認他的統治權，使源賴朝在關東確立的行政權合法化；在以後討伐平氏過程中，向西發展，實現全國統治就有了可能。1192年源賴朝任征夷大將軍，標誌著他所建立的地方政權成為對全國範圍的統治。自此開始，鐮倉幕府政權與天皇政權並存。一般稱天皇政權為公家；幕府政權為武家。公武長期並存。