咖啡同酒一樣是刺激物，如果過量飲用對身體當然有害。同時，咖啡含有咖啡因，而咖啡因是一種會使人上癮的藥物。兩杯咖啡所含的咖啡因藥量，已經足以刺激腦部和使血糖升高。剛開始你可能會覺得清醒，可是很快就會糊塗了，而你的血糖會馬上降到最低點，然後你會感覺越來越疲倦。
當你喝了幾杯咖啡之後，你會變得比較興奮，心跳也比較快，有時它還會讓你的雙手顫抖。咖啡因還不隻會刺激神經係統，升高血糖，有時它還會使血壓上升，損壞腸胃，傷害腎髒，燃盡身體內所儲存的維生素B。
有一個學者曾指出，咖啡因是導致過敏的主要因素，包括失眠、頭痛、神經質、焦躁和皮膚過敏。咖啡還另外含有一種被稱做“丹寧”的藥物成分，它會阻礙身體對鐵質的吸收，而引起貧血。
少量的咖啡當然對身體沒有大害，但是如果喝得太濃了，譬如，濃度很高，味道很苦，那就真的有害於健康了。
據日本的一份食品雜誌報道，以九州大學古野純典教授等為中心的研究小組，不久前公布一項研究發現：淡咖啡能養肝，而且有較好的解酒效果。
這一發現的主要根據是：研究小組的調查證實，喝咖啡者與不喝咖啡者相比，穀丙轉氨酶低。穀丙轉氨酶是肝髒疾病的重要標誌，若飲酒過度或者身體肥胖，其值則馬上上升。
早在17年前，美國克拉斯與斯特朗兩位博士，對喝咖啡預防肝硬化的可能性進行過研究，也證實了咖啡對保護肝髒有一定的作用。
古野教授認為，或許咖啡的養肝功能不是來自咖啡本身，而是來自愛喝咖啡者的生活方式，也不排除與咖啡同時食用的黃油或火腿有這種作用的可能性。
古野教授指出，咖啡有降低穀丙轉氨酶的作用，但不能在不嗜酒者中推廣。因為咖啡中的咖啡堿能促進鈣的排出，容易引起骨質疏鬆症，特別是處於更年期的婦女應該慎重。另外，咖啡堿是通過肝髒分解的物質之一，而肝功能不健全者咖啡堿的新陳代謝能力較弱，所以若飲用大量的濃咖啡，則有誘發脈搏加快、心律不齊等症的危險。