跑到南郡的曹操仍不得安生，因為比周瑜和劉備來得更快的，是一直以來如影隨形的傳染病。看著染病的士兵不斷有人死亡，且周瑜的隊伍這時候也出現在南郡，曹操坐不住了，生怕南郡會成為第二個烏林。於是，他隻留下曹仁、徐晃守南郡，樂進守南陽郡，自己一溜煙跑回了許都。
曹操回到許都，大軍新敗之際不敢言勇，對外開始采取防守戰略。劉備和周瑜則乘赤壁大勝之勢繼續追擊。首先是周瑜攻擊南郡，結果與南郡守將曹仁戰了個旗鼓相當，雙方一時僵持不下。這個時候的僵持與半年前在長江上的僵持可完全不一樣，劉備趁機奪去荊州南邊的四個郡：長沙、桂陽、零陵、武陵。
等周瑜費了九牛二虎之力，還被曹軍一箭射中肋下，命都差點兒沒了，才堪堪趕跑曹仁，奪下南郡。這時候，劉備去信跟孫權說：“現在荊州劉表原來那些手下很多人投奔我，我的地方不夠養活他們，能不能暫借一下南郡？”
對於這個要求，孫權那邊自然是不能同意的。這時魯肅在其中起了關鍵作用，勸孫權接受了它。他反複勸說孫權這個時候應當聯合劉備對抗曹操，而不是跟劉備窩裏鬥，讓曹操占便宜。最後經孫權同意，周瑜不得不把自己幾乎用命換來的南郡隔江分成兩半，將南邊的一半給劉備，東吳則占有南郡北部的江陵。
這個時候我們可以對曹操自建安十三年(公元208年)七月開始征劉表，進而與孫權爆發赤壁之戰，以及其後大約一年的這一整段戰鬥結果進行清算：
曹操隻占有荊州的南陽郡和南郡的襄陽，不僅丟掉了毫不費力得來的大部分荊州，而且損失了大量隊伍，可謂巨虧；孫權出力最多，最終卻隻得了荊州的江夏郡和南郡的江陵，隻能說不賺不虧；而一開始亡命奔逃，連老婆、孩子都顧不上的劉備，最後反而占據了包括南方四郡以及南郡的公安在內的大半個荊州，賺了個盆滿缽盈。