卻說隆慶二年的這一科進士中，出了不少辱沒師門的“造反派”。他們的座主張居正是一位矢誌改革的政治家，但學生輩中卻出了不少與他唱對台戲的保守分子。如萬曆四年正月，巡按遼東的禦史劉台上疏彈劾張居正，起因是劉台做錯了事。作為中央派到地方的巡按，他隻有監察權而沒有行政權，一省的行政歸之於巡撫。但是，巡按往往因為自己是中央特派員而對巡撫頤指氣使。張居正對這一點非常看不慣，常常切責。恰好劉台搶先向朝廷報告遼東大捷，這是越權行為。因為是自己的學生，張居正對劉台的批評就更加嚴厲。劉台感到很沒麵子，於是下定決心和老師翻臉，故寫了這封奏章。他彈劾張居正“獨擅威福，如驅逐原首輔高拱，擅自贈成國公朱希忠王爵，引用張瀚、張四維作為黨羽，罷斥言官餘懋學、付應禎等”。總之，對張居正的施政及用人大加撻伐。
張居正看到這份奏章後，震怒非常。因為明朝二百餘年來，這是第一個由學生彈劾座主的例子。他以辭職為要挾，促使萬曆小皇帝下旨將劉台逮捕到京，治以重罪，最後削職為民發往廣西戍邊。
沈一貫是劉台的同科進士，大概平常關係不錯，故暗中為劉台抱不平，但又不敢明講。於是，趁著經筵授課，用“夾塞兒”的辦法，含沙射影地攻擊張居正這個顧命大臣沒有做到對皇上忠貞不貳，甚至含蓄地建議小皇上自己親政。張居正聽出沈一貫的話外之音，因此非常惱火，於是對他日漸疏遠。講官當不成了，仍回到翰林院編修的位子上坐冷板凳。這一坐就是八年。直到張居正去世，萬曆皇帝對張居正進行清算之後，沈一貫才重新得到重用。短短幾年時間，他由左中允升至吏部左侍郎兼侍讀學士，又恢複了帝師的身份，同時還兼任太子賓客。到了萬曆二十二年，萬曆皇帝下詔讓沈一貫以禮部尚書兼東閣大學士的身份進入內閣參與機務。自此，五十多歲的沈一貫總算如願以償進入到權力中樞。