大約是洪武六年，也就是劉基遭胡惟庸的陷害，從家鄉回到南京閑居一年多之後，朱元璋加緊了對大臣的控製。有一天早朝時，他讓宋濂出列，當著眾位大臣的麵，他問宋濂昨夜做什麽？宋濂回答說在家請朋友吃飯。朱元璋又問請的何人？吃些什麽菜？喝的什麽酒？什麽時間散席？宋濂一一回答。
一番盤問之後，朱元璋笑道：“宋濂說的都是真話，卿不欺朕。”
朱元璋如此說，乃是因為他派出的監視宋濂的密探已經將宋濂昨夜的行蹤作了稟報。朱元璋利用早朝的機會發問，動機有二：一是檢驗宋濂是否忠誠；二是借此機會威懾其他的大臣。設想一下，如果宋濂說了假話，他的後果將會怎樣？輕者貶謫，重者殺頭。在他之前，已有不少大臣掉了腦袋，劉基監視居住，已是惶惶不可終日。
開國之後，最受朱元璋信任的兩個人，武有徐達，文有宋濂。但就是這樣兩個人，依然經常受到朱元璋的監視和敲打。
宋濂自1360年投奔朱元璋之後，一直待在朱元璋身邊“備顧問之職”，隻是在1367年因父親去世回家守喪三年。洪武二年即1370年還朝，被朱元璋任命為編纂元史的總裁官。書成後，升為翰林院學士。
但是，當上翰林院學士後，宋濂也有兩次貶官的經曆。
第一次是洪武三年，因為有一次早朝遲到，被朱元璋訓斥，降為編修。第二年，又因為沒有及時就考祀孔子的禮儀向朱元璋上奏，再次貶謫為安遠知縣。用今天的官職作比較，等於是從正部級幹部一貶為廳級，二貶為處級。由此可見，朱元璋對人苛嚴，再信任的人，隻要犯下一點點過錯，也必嚴懲。
一來是宋濂的天性使然，二來他深諳“伴君如伴虎”的道理。因此成為朱元璋的禁臣之後，宋濂謹小慎微到了極致。他每日到禁城上班，散班時，絕不帶走一張紙片。朱元璋分封有功之臣，何者為王，何者為侯，什麽人可當什麽官，唯獨隻找宋濂一個人商量。那段時間，朱元璋與宋濂同宿大本堂，討論通宵達旦。直到結果宣布之前，外人無從猜測。因此，宋濂知道的朝廷機密最多，參與決策也最多。《明史·宋濂傳》說到這一段，隻有一句話：“濂力據漢唐故實，量其中而奏之。”但究竟采用了哪些漢唐故實，又如何“量其中”，則語焉不詳。個中秘密，隻有朱元璋與宋濂兩人知道。兩人一死，就誰也不知道了。