擔任侍講一年，因為丁母憂，徐階又回到華亭守孝三年。複出後，升為國子監祭酒，不久又兼任禮部右侍郎。
國子監是朝廷唯一的一所大學，祭酒是一把手，即今天的校長。二把手叫司業，即今天的教務長。徐階在這個崗位上待的時間並不長，又被調到吏部擔任右侍郎。
明代六部的堂上官，由尚書、左侍郎、右侍郎三人組成。尚書是一把手，左侍郎是二把手，右侍郎是三把手。
明朝的吏部，有一條不成文的規矩。朝廷九大衙門的一把手，表麵上同一級別，但實際上不一樣，比如說刑部尚書來吏部拜會堂官議事，刑部尚書要站著作揖，而吏部尚書隻需坐著還禮。吏部左右侍郎與其他大衙門的一把手見麵，隻需平等行禮。地方官來北京述職，哪怕是各省一把手，也見不到吏部尚書，更不能到堂上官值房拜會。左、右侍郎接見各省地方官，隻能在會見廳，雙方作作揖，交談不得超過五分鍾，左右侍郎就得起身送客。徐階到吏部當了右侍郎後，一改這種高高在上的作風，地方官來，他必迎至值房親切接談，從各地方的吏治民瘼到邊關虜情、賦稅風物等，皆一一詢問。對他這種舉止，一些老吏部官員看不慣，認為對地方庶官過於親切，有損組織工作的原則。長期以來，吏部官員形成了那種肌肉僵硬，見誰都高人一等的冷麵孔。所以，在他們看來，徐階還不適合擔任組織部門的領導。但徐階反對這種說法，他認為吏部承擔著為朝廷選拔與考察官員的重任，如果不與各類官員接觸，他怎能了解官員的心中想法與行政能力？好在當時的吏部尚書熊浹支持他，使他在任上得以公允並有效地選拔了一批人才。這一點，再次為他在官場贏得讚譽。
但是，隨著熊浹的離任，繼位者不欣賞徐階的做法。徐階鬱鬱不樂，便請求調協工作，這種請求很容易得到批準。他離開吏部擔任翰林院學士，不久，又升為掌院學士。具體的工作是擔任庶吉士的老師。前麵已講過，庶吉士從新科進士中選拔，備為皇帝近側的文臣。擔任庶吉士的老師，是一個延攬人才的好崗位。徐階既是儲君的老師，又是庶吉士的老師，這是他離開吏部以退為進的重要一步。在他所教過的庶吉士中，有一個人引起了他的注意並最終得到他的激賞，這個人便是張居正。關於兩人的師生之誼，我將在撰寫張居正的文章中詳細介紹。此處暫略。