元朝是中國曆史上少見的對社會劃出明顯等級的朝代，以四等人分，將民族與地域壓迫、歧視公開化製度化。元朝的四等人是這樣分的：蒙古人最高貴，居於社會的頂層；色目人（西域各族和西夏人）次之，這兩等人人數最少，但屬於統治民族。漢人（北方的漢人、契丹人、女真人、高麗人，即原來金朝統治領域的人）居第三，南人（南方漢人，即最後降服的南宋人）處在最底層。
由於蒙古人總數太少，所以，色目人則成為準統治者，蒙古往往利用色目人管理漢人和南人。蒙古人和色目人擁有特權，貴族自不必說，除了反叛朝廷之外沒有犯法的概念，打死漢人沒有任何政府機關能處置他們。就是一般的蒙古人和色目人，犯了法也歸特別的機關處理，蒙古和色目人打死漢人，隻判凶手出征。反過來，如果漢人傷了蒙古、色目人，則肯定被判處死刑。因此，各級政府的達魯花赤實際上掌握著漢人的生殺大權。
漢人不許習武，不許擁有武器，不許打獵，不許養馬，不許聚眾生事，所有的結社都被禁止，連祈神賽會、廟會趕集都被懷疑為聚眾造反，被嚴令禁止。每到夜間，往往宣布戒嚴，禁止漢人出行，有病請醫生也不被允許，甚至連在屋裏點燈都受到幹涉，在漢人區域實際上是在實行軍事管製。蒙古駐軍駐紮在全國各個軍事要點，然後由漢軍和新附軍具體控製，他們的行為受到蒙古軍的嚴密監視。如果查出管製不嚴，那麽漢軍和新附軍就會受到嚴厲的處罰。
蒙古人原來信仰薩滿教，這是一種比較原始的自然崇拜，所以很容易接受比較成型的宗教。在中亞的蒙古人很快就接受了伊斯蘭教，而在漢地的蒙古人則對佛教的一個分支——來自吐蕃的喇嘛教顯示出極大興趣。作為漢人道教一個分支的全真教，也曾受到蒙古人的禮遇，但不及對喇嘛教的熱情。在元朝，喇嘛教的僧侶地位很高，來自吐蕃的高級喇嘛可以享受“國師”待遇，與皇帝和王公貴族相往還，寺廟廣有田產，勢力很大，一般的喇嘛也受到特別的優待，地位略等於色目人。至於吐蕃僧人，地位就更高，連蒙古貴族也要讓他們三分，吐蕃僧人到處橫行不法的事情，時有所聞。