明與清是中國曆史上最後的兩個王朝，這兩個王朝在製度上基本是一致的。最大的特點是沒有了傳續一千多年的宰相體製，而由皇帝自己直接負責政務的處理，直接統轄行政部門。雖然明朝有內閣、清朝有軍機處，但從製度上來說，它們都是皇帝臨時性的秘書班子，是宰相製度不完全的補償。隻有走到這個地步，中國的帝製才真正具有了專製的意味。我們前麵已經討論過，自秦漢以來已經不是封建製度了，而真正意義上的帝王專製實際上隻適用於明和清。
但是，明與清又有相當的不同。元代留給明朝的遺產是多方麵的。在政治製度層麵上則主要是負麵的影響居多，龐大的行省，不合時宜的分封製，類似探馬赤軍的衛所製度，這些已經很成問題了，但還算不上最嚴重。更惡劣的影響體現在政治文化方麵，明朝初年不僅學術衰落、精英凋零，而且整個社會文化氛圍非常惡劣。
元朝的官場文化，是奴才和主子的文化。跟宋朝官員隻拜皇帝不拜上級不同，元朝下一級官員要向上一級官員磕頭禮拜，因為在草原上下級就是上級的奴才，所以到了中原，也照搬不誤。所以，皇帝當眾折辱大臣，上級當眾鞭笞下級，大家都不以為怪。這樣一來，政治行為上麵原來的道德麵紗也就沒有了，儒家文化講究的那種道德恥辱感也沒有了，恥感文化大幅度衰亡，官場上隻剩下了**裸的利己動機。顯然，這樣一種政治文化，不可能不影響到明代。
明代的政治，有許多不可理喻之處，完全不按常規出牌。比如，朱元璋沒來由的屢興大獄，幾乎殺光了所有舊臣，殺人之多，朝政幾乎難以為繼。朱棣奪了侄子的江山，對忠於建文帝的方孝儒，殺掉當然亦無不可，但將之剝皮下油鍋，並夷其十族，則完全沒有道理（在過去的時代，碰到這樣的事情，往往是在殺掉前朝的不降之臣後，將之厚葬，並表彰其效忠的行為，因為這是做給他們自己的臣子看的）。明武宗朱厚照，不樂意做皇帝卻願意做將軍，非要給自己加上個“總兵”頭銜。還有那個著名的萬曆皇帝朱翊鈞，居然能夠幾十年不理朝政，幾乎讓國家機器陷於癱瘓。許多傳統皇朝的處事忌諱，朱家人都犯了，作為王者的基本道德可以被蔑視（不負責任），王朝應該推行的基本準則也可以不顧（侮辱、懲罰忠臣和對勳舊的不義）。他們所要的完全是沒有道理的絕對服從，朱元璋甚至連“亞聖”孟子都不能容忍，對孟子的“民本”思想表示了長久的敵意。曆代漢人的王朝，隻有明朝能夠公開折辱士大夫，錦衣衛的廷杖，當場打死了多少不屈的士大夫，也打掉了士大夫的臉麵。元朝奴視士大夫的傳統，還是被後來的明朝皇帝繼承了下來。