明初廢相，開創了將行政機構直接隸屬皇帝的先河。作為宰相衙屬的中書省也徹底退出曆史舞台，隻剩下中書舍人一職，變成一個閑差。宋代的門下省也沒有恢複，隻是將給事中一職散入各部，依然管封駁。這樣，傳統的三省六部（元代不計）就變成了六部體製。
在原來的體製下，六部隸屬省（隸屬於尚書省或是中書省），屬於執行機關。雖然權力不小，但地位畢竟不高。現在六部直屬皇帝，成為一人之下的最高的行政官職。地位提高了，官階也提高了，各部尚書一人，正二品，侍郎一人，正三品。他們不僅負責行政事務的執行，而且可以參與軍國大事的決策，如某事屬於某部管轄，如果足夠重大，那麽就由某部負責人尚書或者侍郎主持廷議，與其他各部長官、內閣成員以及科道（禦史和給事中）互相討論。如果所需討論的事情難有歸屬，那麽就由吏部尚書主持。當需要討論高級官員任用時，廷議就變成了“廷推”，同樣由吏部長官主持。有的時候，皇帝往往將專屬於某部的事情派到某部，令其在部內討論，這叫“部議”。討論如何懲罰官員，則下刑部議；討論河工，則下工部議。當然，無論何種“議”，最後都要皇帝定奪拍板。其實，在“議”的背後，司禮監和內閣往往起著決定性作用。一項決策，是否進入廷議和部議階段，往往看內閣與司禮監的意願；進入廷議還是部議，往往取決於他們是否願意讓其通過，成為決策法令。如果他們樂觀其成，進入這個程序又有利於通過的，那麽就進，如果反之，則不進。
六部負責人雖然分為尚書和侍郎，有官階高低之別，但他們並不是正職和副職關係，隻是官階上有區別而已，對部務具有差不多的發言權，同列堂官，兩位都可以單獨向皇帝上疏。雖然在處理公務上按慣例官階低的應該尊重官階高的，但如果侍郎認為尚書處理不當，可以阻止決策下達，上報皇帝。這種安排，本身就蘊涵著互相牽製的意思。當然，一個部的堂官之間，真正鬧到互相告狀、走向決裂的情景其實並不多。按中國政治的慣例，一般都在私下盡可能協調好，而避免公開決裂。當然，到了非鬧翻不可的時候，侍郎也可以阻擋尚書的意誌。