司馬遷之死是有問題的。
裴駰《史記集解》在《太史公自序第七十》最後一句下，引衛宏《漢書舊儀注》：“司馬遷作《景帝本紀》極言其短，及武帝過。武帝怒而削去之。後坐舉李陵，陵降匈奴，故下遷蠶室。有怨言，下獄死。”
陳壽《三國誌·魏誌·王肅傳》：“帝（曹叡）又問司馬遷以受刑之故，內懷隱切，著《史記》，非貶孝武，令人切齒。對曰：司馬遷記事，不虛美，不隱惡。劉向、揚雄服其善敘事，有良史之才，謂之實錄。漢武帝聞其述《史記》，取孝景及己本紀覽之，於是大怒，削而投之。於今此兩紀有錄無書。後遭李陵事，遂下遷蠶室。此為隱切，在孝武而不在於史遷也。”
葛洪《西京雜記》（偽托為劉歆遺書）卷六：“〔司馬遷〕作《景帝本紀》極言其短，及武帝之過。帝怒而削去之。後坐舉李陵，陵降匈奴，下遷蠶室。有怨言，下獄死。”
王肅所言與衛宏大抵相同，雖不及“下獄死”事，但明言武帝“隱切”（心懷刻毒）。司馬遷以直言之故，至魏明帝時猶被“切齒”痛恨，可見其遭忌之深。
葛洪殆即根據衛宏，或者與衛宏同根據另一史料。
“下獄死”事，必世有流傳，故衛宏、葛洪均筆之於書，諒不能無中生有，以歪曲史實。
司馬遷死得有點不明不白，其實在《漢書·司馬遷傳》中也露了一些痕跡。班固序述司馬遷生平隻到轉錄了《報任安書》而止。《報任安書》是充滿了“怨言”的。傳後的讚裏麵說：“嗚呼，以遷之博物洽聞，而不能以知自全。既陷極刑，幽而發憤，書（即指《報任安書》）亦信矣。跡其所以自傷悼，《小雅·巷伯》之倫。夫唯《大雅》‘既明且哲，能保其身’，難矣哉！”文以悼歎出之，在“既陷極刑”之後，又悲其不“能保其身”，足見司馬遷之死確實是有問題了。