一九八三年八月，首先出版了第一套《佛光大藏經·阿含藏》，總共十七冊。《阿含藏》出版後，流傳很快，有韓國曹溪宗專研《阿含經》的布教師，為此特地到台灣佛光山表達感謝，因為重編印行的《阿含藏》，使得他們原本不易了解的經文，變得容易閱讀。人人能讀，正是我重編大藏經的心願。
後來慈怡到日本佛教大學修學博士，編輯藏經的事務就由比丘尼當中的依淳、永明、永進接任。如此又經過十多年，一九九四年十二月，出版了《禪藏》五十一冊。分為四大類、一千三百餘萬字的《禪藏》出版後，也引起諸多回響，例如韓國高麗大學宋寅聖教授就說：“過去研究禪學的重鎮，是日本花園大學禪學中心，但並沒出版完整的《禪藏》。佛光山已成為世界禪學重鎮。”還有美國常春藤名校斯坦福大學的邵東方教授等，他們一致讚許《禪藏》的索引是他們使用過的索引中，最方便檢索的索引。
在永明、永進不斷的努力下，一九九七年五月，出版《般若藏》四十二冊；一九九九年五月，出版《淨土藏》三十三冊；以及在二〇〇九年四月，完成《法華藏》五十五冊。三十年中，出版的五部藏經，感謝海內外諸多學者、教授的支持肯定，給我們許多鼓勵。
例如：北京大學朱慶之教授、中國人民大學方立天教授等認同《佛光大藏經》的編輯工序縝密，稱讚它是“華人之光”。學者葛兆光教授稱許《佛光大藏經》的題解比《佛書解說大辭典》更加詳盡。日本大穀大學木村校長說：“《佛光大藏經》的尺寸、厚度，給讀者很大的方便。對佛教的普及起了很大的作用。”葉朗教授認為《佛光大藏經》標點、校對等嚴謹，品質非常高。還有，美國威斯康星大學經濟學教授高希均先生與知名作家餘秋雨先生，共同推薦《佛光大藏經》為“鎮宅之寶”。以及瑞典斯德哥爾摩大學孔子學院院長羅多弼教授，肯定《佛光大藏經》是劃時代的巨獻，有助於東西文化的交流。