《菌兒自傳》是高士其寫於1936年到1937年的作品，先在《中學生》刊物連載，1941年1月由開明書店出版單行本。全書共十五章，目錄為：
一 我的名稱
二 我的籍貫
三 我的家庭生活
四 無情的火
五 水國紀遊
六 生計問題
七 呼吸道的探險
八 肺港之役
九 吃血的經驗
十 乳峰的回顧
十一 食道的占領
十二 腸腔裏的會議
十三 清除腐物
十四 土壤革命
十五 經濟關係
從作品的內容看，十五章又可以分成三大部分：
第一部分從第一章到第六章，共六章，向讀者介紹了關於菌兒的一些最基本的知識。
第二部分從第七章到第十二章，共六章，從“呼吸道”、“肺”、“血”、“消化道”、“腸腔”等名稱可知，都是人體內的器官和物質，是揭示細菌與人的關係、細菌與生命的意義、細菌對人類的危害和預防。這一部分是全篇的重點。
第三部分從第十三章到第十五章，共三章，在這裏，作者用兩分法的觀點，闡述了菌兒對於農業、工業有益的一麵，既有理論，又擺事實，足以消除人們那種認為“凡菌即有害”的偏見。
全篇十五章，各章可以獨立成篇，連接成全篇，又都緊緊扣題，運用擬人的手法，突出菌兒的形象，由淺入深地逐步揭示菌兒的全部活動。
關於《菌兒自傳》，高士其在《為孩子們寫作的經過》一文中這樣寫道：
《菌兒自傳》是我的代表作。它不是科學小品，而是科學小說，是我學習了魯迅先生《阿Q正傳》之後寫成的。這本書共有十五章，菌兒是個小人物，從它的“名稱籍貫”、“家庭生活”談到“無情的火”、“水國紀遊”、“生計問題”。從“呼吸道的探險”、“肺港之役”、“吃血的經驗”談到“乳峰的回顧”、“食道的占領”、“腸腔裏的會議”。還談到“清除腐物”、“土壤革命”和“經濟關係”，這是菌兒生活對於人類有益的一麵。《菌兒自傳》是一部細菌的生活史。