世界上的發展中國家普遍地存在著城鄉二元結構（包括社會結構和經濟結構），它主要表現為國民經濟由現代城市工業部門和傳統的鄉村農業部門所組成。這種二元結構是發展中國家在實現工業化、城市化過程中自然出現的現象。一般發展中國家二元結構是在經濟發展因市場機製原因自然形成的，雖然城市產業比農村產業先進，但因為生產要素可以在城鄉之間自由流動，城市對農村的經濟輻射又能帶動農村經濟的發展，農村剩餘勞動力能夠被城市產業逐漸吸收，從而可以使二元結構相互轉化。我國的二元結構受集中式計劃經濟體製和優先發展重工業的工業戰略偏差製約，表現出與其他發展中國家不同的特殊性，形成了城鄉封閉的二元經濟結構與社會結構，以及並存的一係列製度安排，如城鄉二元土地所有製、城鄉二元戶籍身份製度、城鄉二元分配製度、城鄉二元社會保障製度等。我國實行的城鄉二元結構體製是城中村形成的深層次製度性因素，也是根本原因所在，其具體表現為以下方麵。
1．城鄉二元土地製度是城中村產生的核心因素
我國的土地製度在世界上是獨一無二的，根據城鄉實行不同的所有製度，即所謂的土地的二元所有製結構。《中華人民共和國土地管理法》第二條規定：“中華人民共和國實行土地的社會主義公有製，即全民所有製和勞動群眾集體所有製。”根據《中華人民共和國憲法》第十條、《中華人民共和國土地管理法》第八條規定，“城市市區的土地屬於國家所有，農村和城市郊區的土地，除由法律規定屬於國家所有的以外，屬於農民集體所有；宅基地和自留地、自留山，也屬於集體所有”。城中村作為都市裏的村莊，呈現出了最為典型的國家土地所有權和農村集體土地所有權兩種差異明顯的城市內部土地二元結構。城市的擴張隻能征用農民作為生產資料的耕地，一般不能征用農民作為生活資料的宅基地；同時政府為了避免或降低高額的征地補償、房屋拆遷補償、居民就業安置等成本，因此政府通常選擇交易成本最低的城市化方式，在城市規劃中繞過城中村，避開農民的居住區，原來的農村就變成了“孤島”。