城鄉分割的二元結構製度是城中村產生的根源，也是城中村改造中的難點所在，之所以稱之為難點問題，關鍵在於其涉及城中村改造的對象——農民的切身利益。可以說，農民是二元結構製度的既得利益者，力求維護二元結構製度所產生的生存狀態，使其產生了路徑依賴，這種路徑依賴使得城中村的狀況陷入長期的非效率的鎖定狀態。
路徑依賴類似於物理學中的慣性，一旦進入某個路徑（無論是好還是壞）都可能對這種路徑產生依賴，路徑依賴形成的原因中最主要的就是利益集團的因素，利益集團是存在自身利益需要的集團。這些利益集團對現存的路徑有著強烈的需求，他們力求鞏固現存的製度，阻礙選擇新的路徑，哪怕新的體製比現存的體製更有效率。在城中村改造過程中農民是既得的利益集團，他們從二元結構製度中受益匪淺，正是由於利益的內在驅動，使得村民不願改變舊有的製度安排，相應地二元結構製度就產生了路徑依賴的效應。
農民從二元結構製度中得到很多利益，如農村土地產權製度所帶來的租金收益、農村人口管理製度所產生的三大優勢和農村村委會管理製度帶來的集體經濟的分紅和福利等，這使得作為理性經濟人的農民強烈地依賴於這種製度安排，並力求維護之。
首先，二元土地產權製度的租金收益。我國實行的是二元土地產權製度，農村土地所有權歸集體所有，國家難以征用農民的宅基地，農民對宅基地具有相對自由的使用權。城中村的“孤島”形成後，村中的農民卻因外來人口急劇湧入城市而帶來了難得的獲利機會。特別是隨著城市的經濟發展，城市的土地價格也日益攀升，高昂的地價使處於優越地理位置的城中村聚集了雄厚的集體財富，無耕地的村民憑借其有利的區位條件在自己擁有使用權的宅基地上大量地建造房屋以供出租，並以此獲得了不菲的收入，城中村村民成為新型的租金食利階層。村集體開始在留用地上與房地產商合作開發商業地產和住宅，農民則在各自的宅基地上瘋狂地建房。建房者在有限的宅基地上，一方麵通過超高建築來實現利益最大化，另一方麵通過侵占公共空間來實現利益最大化。從個體理性選擇的角度看，城中村這種特殊的建築群體和村落體製的形成，是農民在土地和房屋租金快速增值的情況下，追求土地和房屋租金收益最大化的結果。這種收入模式使得局麵開始發生逆轉，由原來城市排斥城中村轉變為如今的城中村拒絕被城市化、市民化，經濟收入的路徑依賴極大地強化了城中村長期存在和發展的現實性與被拆遷改造的艱難性。