1．政府主導模式的困境
在大部分地區，政府主導的大規模的拆遷往往因為補償不足，暴力拆遷、群體性事件，乃至惡性事件發生頻率大大提高；而在少部分經濟發達地區，村民要價過高，很難談攏條件，導致城中村改造項目難以推進。以深圳操作的福田區崗廈村為例，改造前的崗廈村約有數百棟各種產權形式的自建樓房，2007年崗廈河園片區啟動了改造工程，但由於賠償標準談判一直僵持不下，改造方案到2009年底才塵埃落定。結果是政府不得不大幅度提高補償標準，特別是住房按照一比一補償，補償後崗廈原住民中家庭資產過億元的達到十戶，全村每戶資產都超過千萬元。即使如此，還是有村民不滿意，相當長一段時間裏仍有5%的村民沒有簽約。
2．集體自行改造模式的困境
在第二種集體自行改造模式中，往往是村委會自行籌資開發，完成拆遷安置、回遷建設和商品房建設全部工作。改造完成後，村集體將剩餘住房上市銷售，形成滾動開發。但這種模式存在開發者在建設過程中無法獲取貸款、住宅開發質量不高、基礎設施難以到位、開發住宅為“小產權房”無法上市等諸多問題。因此，這種模式隻有極少數集體經濟實力雄厚的村莊才能推行。
3．開發商主導改造模式的困境
目前一些地方開始探索開發商與村集體合作改造的模式。比如深圳2009年發布的《深圳市城市更新辦法》，鼓勵開發商與村集體合作改造，並製定了一套方法和措施。但開發商介入或主導的改造可能帶來一些問題：首先，開發商以利潤最大化為根本驅動，很可能以不利於社會和諧的運作方式進行改造。其次，開發商的資本結構基本以少量自有資金加大額銀行貸款構成，可能導致開發商因信貸政策調整陷入困難，不能按期完成甚至中途退出改造。最後，由於一個城市的城中村數量眾多、大小不一，小村不但占地少，還有可能被道路切分成零碎地塊，對開發商缺乏吸引力。