在城中村改造過程中，政府麵臨的問題是，改造資金從哪裏來？能否得到合理的回報？拆遷過程中的利益衝突，會不會成為社會不穩定的因素？城中村村民所擔憂的是他們現有的既得利益，尤其是房地產租金的收益會不會受到影響？因為在城中村，村民的既得利益不僅高於農民工，也高於一般市民。在農村城市化問題上，人們往往把目光集中在戶籍製度改革上，以為隻要徹底改革戶籍製度，農村城市化進程就會一路凱歌。然而，人們在城中村所看到的，戶籍製度的作用已是微不足道，村落城市化並沒有因淡化戶籍製度而完成，村籍製度更被農民所看重，這又成為村落城市化的攔路虎。更不必說，城中村改造還要經曆一個艱難而複雜的產權重新界定和置換的過程，以及社會關係網絡的重組過程。城中村改造能否順利推進，在很大程度上取決於城中村村民改造前後的利益補償，即不會減少他們的既得利益。
（一）城中村的改造模式選擇
城中村改造有多種改造和時刻選擇，有政府主導性、村民主導性、開發商主導型，更多的是政府、村民、開發商共同改造型。不同的地區，不同的村莊條件以及不同的事件，都可能影響到改造模式的選擇。許多地區改造城中村過程中摸索出來的“一村一策”的改造經驗，就說明不同村莊改造模式往往不同。無論選擇哪種模式，都要因地製宜根據本地本村的實際情況，采取最佳改造模式。而且無論哪種模式，政府相關部門的作用都是相當重要。
筆者認為，普遍意義上城中村改造的原則：不應進行大規模徹底消除性質的改造；改造應是一個綜合性質的改造；同所處的工業化、城市化階段以及整個城市的發展相互協調的改造；實施“自下而上”與“自上而下”相結合的改造；實施中小規模的、逐步的改造。城中村的改造應根據各地具體的情況，製定適宜的改造目標，選取恰當的改造模式。城中村改造涉及社會組織和社會管理、規劃、拆遷（補償）、融資、集體經濟、就業和社會保障等一係列問題，政府應研究製定好各方麵的政策措施。