可震旦學院成立兩年後，投資方耶穌會隻想教育傳教士，而馬相伯卻希望能教育出對國家有用之人。兩方俱不相讓，耶穌會一怒之下，解散學院，對馬相伯老人更是百般驅逐，甚至找人將老人架到醫院，讓他“無病而入病院”。老人被架走後，學生們就再也無書可讀了。學生們紛紛表態：“我們誓死和馬校長站在一起，可以無震旦，不可無校長……”於右任帶著同學們找到馬相伯，在醫院裏，大家一見到老人，就都哭了：“校長，我們沒書可讀了。”聽到這句話，老人哭了，偌大的中國竟然擺不下一張小小的課桌。
為了讓孩子們有書可讀，上海街頭，常常能看到一個 65歲的老人，一個人拄著拐杖，顫顫巍巍地東奔西走，到處遊說籌集款項。
“國家再窮，可學生們總該有書讀啊！”
1905年中秋節，老人終於得到了社會的支持。在吳淞廢棄的提督衙門，破破爛爛的屋舍裏，一個老人，100多個學生，沒有桌子，沒有椅子，隻有一塊黑板，這就是現在名校複旦大學的前身複旦公學。
開學那天，300多名學生從各地趕來，甚至有學生坐火車從蘇州趕來，又走了一夜的路才來到學校。
馬相伯擔任複旦公學第一任校長，就是這樣簡陋的教學環境，卻培養出了中國著名的氣象學家竺可楨、民國藝術大師李叔同、國學大師陳寅恪、著名數學家胡敦複、中國第一任輕工業部部長黃炎培、政治家教育家邵力子。