一介草莽的出身背景，雖然幫助朱元璋成就了帝業，同時也導致他在稱帝後一些思想上的局限。
朱元璋在稱帝後，尤其重視在國家治理方麵的得失，這是因為前麵小明王龍鳳政權的覆滅、陳友諒父子和張士誠的禍根以及元朝的自取滅亡，這些事例給了他極為深刻的教訓。因此，朱元璋在一統天下之後，一直著力於去改善百姓民生，力圖為大明朝奠定百年基業。但是關於朱元璋在位時的所作所為，後世人卻有著大相徑庭的評價。尤其是在他晚年時候一意孤行而斬殺諸多開國功臣的做法，給整個明王朝的官宦留下了無法抹去的心理陰影。
為了鞏固朱姓政權的統治，朱元璋先後進行了兩次對文臣武將的大清洗活動。曆史上最出名的胡藍黨獄，便是朱元璋為了清理淮西集團而發起的一場運動。有人認為，這隻不過是朱元璋長期占據皇位之後鬼迷心竅的做法，人越上年紀，也會越貪戀人間的榮華富貴。這種看法並非全無道理，但若結合朱元璋整個帝王人生，就會發現他對功臣的殺戮，也不過是深埋在心中的龐大計劃的一個階段而已。
早在洪武七年（1347年），朱元璋就開始有計劃地對有功之臣進行清剿。隻不過當時受到迫害的大臣數量並不多，而且朱元璋此時正處於人生巔峰，所使用的方法也相對柔和。
在這段時間中，朱元璋先後殺害了兩名比較重要的功臣，他們分別是淮安侯華雲龍和德慶侯廖永忠。二人的罪名都是“違製”，意思是說這二人的所作所為與他們自身的官職並不匹配。
史書記載，華雲龍因為“據元相脫脫宅第，僭用故元宮中物”，是說華雲龍占據元朝宰相脫脫的王府，並且未經允許而擅自使用了元朝皇宮中的器物，這是僭越的行為。但史書中並沒有詳細說明華雲龍究竟被處以了怎樣的刑罰，而隻是含糊其詞地說其在歸京的路上意外死去。朱元璋本意是想把華雲龍召回朝中，並以何文輝代替華雲龍的職位。這其中的關係十分微妙。何文輝本是朱元璋的義子，常年負責為朱元璋監督在外軍將。功臣華雲龍死因不明，朱元璋又派自己的嫡係前去取代其職，這一來一去中就給後人留下了許多猜想的空間。