董卓大權獨攬以後，決定廢除少帝。他在崇明殿召開百官大會，在他的脅迫下，何太後下詔廢黜少帝劉辯，降為弘農王，改立陳留王劉協為帝，這就是漢獻帝。何太後嗚咽流淚，文武官員滿目悲愴，但都不敢吱聲。
完成這一法定程序後，何太後已經沒有什麽用處了，三天後，董卓下令用鴆酒將何太後毒死，何太後的母親舞陽君亦被殺，屍體拋入禦花園。何苗被開棺戮屍。東漢最後一家專權的外戚家族徹底灰飛煙滅。
改立獻帝後，董卓將自己升遷為太尉，成為三公之一，後又自封郡侯，拜國相，躍居三公之首，掌宰相權。董卓雖然名為“一人之下，萬人之上”的國相，但實際早已不在皇帝之下。在董卓的**威逼迫和陰謀陷害下，他的競爭對手和朝中許多忠義之臣，不是被逼迫出逃，就是被鏟除消滅。董卓恣意玩弄權術，濫殺無辜，引起廣大官員和人們的強烈憤慨和反對。
董卓“性殘忍不仁，遂以嚴刑協眾，睚眥之隙必扳，人不自保”。率兵進洛陽時，見城中富足貴族府第連綿，家家殷實，金帛財產無數，便放縱手下士兵，實行所謂“收牢”運動。這些士兵到處殺人放火，**婦女，劫掠物資，把整個洛陽城鬧得雞犬不寧，怨聲載道。
控製中央政權後，董卓殘忍不仁的惡性更加膨脹，經常派遣手下士兵四處劫掠，殘暴百姓。有一次，董卓部屬的羌兵在陽城搶劫正在鄉社集會的老百姓。士兵們殺死全部男子，凶殘地割下他們的頭顱，血淋淋地並排懸掛在車轅上，令人觸目驚心，然後擄走大批婦女和大量財物。回到洛陽後，他命手下將領把頭顱集中起來加以焚燒，而把婦女和財物賞賜給士兵，卻對外人宣稱是戰勝敵人所得。
遷都長安時，為了防止官員和人民逃回故都洛陽，董卓將整個洛陽城以及附近二百裏內的宮殿、宗廟、府庫等大批建築物全部焚火燒毀。昔日興盛繁華的洛陽城，瞬時之間變成一片廢墟，淒涼慘景令人頓首痛惜。