孔融是孔子的十九世孫，少年時便聰慧異常。他的七世祖孔霸是漢元帝的老師，官至侍中，父親孔宙，曾任太山都尉。孔融十三歲那年孔宙去世，孔融痛不欲生，病得需要別人攙扶才能站起來，天下人都稱讚他的孝行。
孔融為人也很仗義。名士張儉為中常侍侯覽所忌恨，侯覽密令州郡捉拿張儉。張儉與孔融哥哥孔褒是好友，於是逃到孔褒家中。當時，孔褒不在，張儉覺得年僅十六歲的孔融太年輕，沒有告知他自己的處境。孔融心思敏銳，能急人之難，他看見張儉窘迫的樣子，就對張儉說：“哥哥雖然在外未歸，我難道不能為您的東道主嗎？”因此留張儉住在自己家。
後來事情泄露，官府秘密搜捕，張儉逃脫了，孔褒、孔融卻被抓了起來，兄弟二人爭著認罪。孔融說：“收容匿藏張儉的是我，有罪歸我。”孔褒說：“張儉來找我，不是弟弟的罪過，罪在我，我心甘情願。”官吏問他們的母親，母親說：“家裏的事情都由長輩決定，罪責在我。”一門都爭著赴死，郡縣遲疑不能決斷，於是向朝廷請示。詔書最後定了孔褒的罪。孔融因而聞名，與平原陶丘洪、陳留邊讓齊名。