何進即將升任大將軍時，司徒楊賜派孔融拿著名片去祝賀何進，因為門人沒有及時通報，孔融就把名片奪回，揚長而去。何進的人覺得很丟麵子，想要派劍客追殺孔融，有賓客對何進說：“孔文舉有盛名，將軍如果與他結怨，四方之士就會相隨而去了。不如以禮對待他，使天下人都知道將軍的胸懷廣大。”何進覺得是這個道理，於是受任大將軍後，征辟孔融，舉其為高第，遷任侍禦史。誰知道，孔融又因為與上司禦史中丞趙舍不和，托病歸家。
後來，孔融被征為司空掾屬，授任北中軍候。在職三天，轉任虎賁中郎將。正逢董卓霸權，想要廢掉漢少帝，孔融與董卓吵了起來，言辭非常激烈。董卓礙於孔融名聲，也不好殺他，就將孔融轉任議郎，隨後又暗示三府（太尉、司徒、司空）舉薦孔融到黃巾軍最為猖獗的北海國為相。
孔融到北海後召集士民，聚兵講武，下發檄文，又親寫書劄，與各州郡通聲氣，共同謀劃。慢慢集結官吏、百姓，以及被黃巾軍所蠱惑的男女四萬多人，再設置城邑，設立學校，表顯儒術，薦舉賢良鄭玄、彭璆、邴原等。因為頗有政聲，被時人稱為“孔北海”。
不過，孔融文有餘，武不行，先是被名不見經傳的黃巾張饒擊敗，後又被管亥所圍，一度情勢危機。於是派太史慈向劉備求救。劉備當時還是那個小小的平原相，收到孔融的求救信，簡直受寵若驚，失聲道：“孔北海竟知道天下還有個劉備呢。”於是立即發兵解圍。
這個時候，袁紹和曹操的勢力正逐漸壯大，孔融深知二人對漢室沒有忠誠之心，所以不願意和他們建立關係，孔融的幕僚左承祖曾勸孔融結納袁紹或者曹操，他一怒之下就把人家給殺了。孔融自負於才氣秉性，立誌平定國家的危難，可是他空有理想，終究沒有匡扶天下的才能。