曹操掌權後，孔融對曹操的亂政行為非常氣憤，認為他挾天子以令諸侯實在是大逆不道，因此常在朝堂之上和曹操對著幹。
曹操擊敗袁紹以後，袁紹家的婦人女子多被擄掠。曹丕搶了袁熙的妻子甄宓。孔融寫信給曹操，說：“武王伐紂，把妲己賞賜給周公。”曹操不明白，但想孔融乃是當世頭號文人，便信以為真了，到處查找典故，也沒查到。後來問孔融這話出於何經何典，孔融答說：“我按照現在的情況，自己憑空想出來的啊。”曹操這才恍然大悟，孔融這是在埋汰自己，殺意已生。
在這裏，孔融把甄宓比妲己，把曹操比武王，把曹丕比武王的弟弟周公，這一下，曹操一家人的關係全亂套了。而且孔融還暗示：你把甄宓許給你兒子和許給你自己沒什麽兩樣，其實是你自己看上了，又怕傳出去名聲不好，所以名義上把甄宓許給你兒子，其實暗地裏自己享用。反正是你們曹家的女人，父子同納一婦，曹公，你真是道貌岸然啊！要知道，曹操一向以周公自比。
曹操北討烏桓，孔融又譏笑他說：“大將軍（曹操）遠征，蕭條海外，從前肅慎不進貢楉矢，丁零偷盜蘇武的牛羊，可以一並討伐啊！”
當時，因為戰亂頻起，天又災荒，民不聊生，所以曹操下令禁酒以節糧，孔融就去書諷刺曹操說：“天上有顆‘酒旗’星，地下有個‘酒泉’郡，人有海量稱‘酒德’，帝堯‘千鍾’稱聖人。而且夏桀和商紂王是因為女色亡的國，那你幹脆把婚姻也禁止算了。”曹操忌憚孔融的才子大名，強忍憤怒，沒有立即殺他。禦史大夫郗慮出來上奏朝廷，依法免去孔融的官。可他卻滿不在乎，天天大宴賓客，有人形容曰：“座上客常滿，樽中酒不空。”那邊禁酒，他被處罰還天天聚眾飲酒作樂。孔融此舉，純粹是想攪局。