三權分立是近代資本主義國家基本政治製度的建製原則，其核心是立法權、行政權和司法權相互獨立、互相製衡。有趣的是，在明朝萬曆前期，中國也曾出現過一個似是而非的“三權分立”運作體製。說它“似是而非”，是因為與其相對應的主體是太後（立法）、內閣（行政）、司禮太監（司法），顯得有些荒謬，但它確實具有“三權分立”的特點。這三個權力的所有者在互相製衡的前提下互相配合、同心協力，竟然大有建樹，把這個時期的大明朝治理得有條不紊、政令通達、社會安定、經濟發展，也算一個曆史奇跡了。
萬曆皇帝即位的時候年紀還小，無法行使任何政治權力，隻能算做國家名義上的元首，是國家的象征。朝廷所有的事情，都是由李太後、司禮太監馮保和內閣首輔張居正三人執行運作。所不同的是，這三人擁有的權力不是來自於國家憲法，而是來自於皇權的衍生。李太後是萬曆的生母，張居正是萬曆的老師，馮保曾是萬曆的伴讀。萬曆是他們權力的實際來源，他們不可能脫離皇權而真正走向“獨立”，他們誰也離不開誰，必須進行合作，才能有效行使權力。
如果把至高無上的皇權比做立法權的話，那麽，李太後在這個時期所代表的正是“立法權”。皇帝年幼，生身母親自然要負起照應兒子的責任。從抓權的角度來說，李太後是想把“立法權”獨立的。但李太後畢竟是沒有多少文化的宮女出身，又深居後宮，她根本沒有能力完成諸多“立法”，必須要依靠內閣大臣們的“提案”。比如推行一條鞭法，增收賦稅；比如對外用兵、平南倭、靖北虜等，這些大政方針絕非一個身居後宮的婦道人家所能製定的。
再說內閣的“行政”，張居正是一代飽學的大儒，又是皇帝的老師兼顧命大臣，讓他做內閣首輔，“行政權”應該能夠獨立吧，實際上不盡然。盡管當時的內閣權力很大，但是，再大也大不過皇權，內閣有所行政，必須事前提請李太後所代表的“立法”批準，獲得“行政許可”或者授權，才能實施。這就決定了“立法”和“行政”之間存在著不可調和的矛盾，既需要互相依存，又存在皇權弱而內閣強的現實。正是由於這種因素，才導致了張居正後來的人生悲劇。