2002年，加盟商們“各自為政”的混亂局麵給順豐帶來了越來越大的負麵影響。
當時擺在王衛麵前的隻有三條路可以選擇：
第一條路最緩和，那就是繼續保持加盟營銷模式，在此基礎上增加一些有效的獎懲管理措施，譬如末位淘汰製度，以此清除一些完全不符合順豐要求的加盟商，以達到殺雞儆猴的效果，同行業內其他快遞企業基本都是采用這種方法來管理加盟商的；
第二條路是折中的辦法，既保持加盟營銷模式，也在部分營業點采用直營模式，尤其是一些中心城市的中心中轉場，相當於卡住整個快遞網絡的咽喉，其他地區的加盟商自然能夠受製於總部，這種方法直到今天依然被一些業內領先的民營快遞公司所采用；
第三條路則是王衛走的路，一條至今隻有他走過的路—全麵直營化。
對於一家快遞企業來說，可以有一萬個理由支持直營化，譬如便於標準化管理，易於提高整體服務質量，方便總部整合快遞網絡，統一配貨和運輸，等等。事實也的確如此，直營化是快遞企業發展到成熟期最好的選擇，從國際快遞巨頭們全都選擇直營化就可以看到國內快遞業未來的發展趨勢。
不過王衛在采取行動之前也並非沒有猶豫，畢竟國內還沒有采用全直營式的快遞公司，而且雖然當時加盟商給順豐帶來了不少麻煩，但王衛也同樣體驗著順豐高速擴張的快感，一旦變革，順豐的規模擴張不可避免地會慢下來。
王衛在充分考慮各方麵優劣之後，為了順豐的長遠利益，決定變革。王衛首先在深圳建立了順豐的公司總部，以此為改革的開端，進而開始全麵改革順豐的運營模式。意料之中，王衛的改革措施遭到了大小加盟商的強烈反對。王衛的改革方法是剛柔並濟，一方麵強製要求各加盟商將股份賣給他，另一方麵對於加盟商以後的福利待遇，給予了相當豐厚的條件。王衛的改革先從廣東開始，逐漸推廣到全國，由於在廣東經營了多年，所以雖然困難重重，最終還是比較順利地拿下了，等到推行至廣東以外的地區時，加盟商們的反抗激烈得多，不僅如此，同一地區的加盟商還拉幫結派反抗王衛的“收編”。王衛依然強力推行他的改革政策，在此期間，他受到了部分加盟商的含有警告意味的生命安全威脅。