王安石被罷相以後，變法派中的官員呂惠卿肆意妄為。王安石因此回京複職，但是變法依然受到保守派的堅決阻撓。
一次，神宗因遼國無理要求割地，向舊臣問策。久已罷相在外的韓琦，又乘機攻擊新法，指責將兵法、編保甲是“所以致遼之疑”，青苗、免役、市易諸法是使“邦本困搖”。在王安石複相後的一年多時間裏，變法派仍然處境困難，難以實施新法。尤其是王安石複相後，得不到神宗的支持，市易法無法再向前推進，免役法在保守派官僚的攻擊下開始倒退，官戶所輸助役錢，減免一半，逐步對官僚地主、大商賈妥協。王安石複相後，變法派原有矛盾加深，進一步分裂。韓絳與呂惠卿意見多有不合，王安石因選用官員事也與韓絳不合。王安石重用呂嘉問，而呂惠卿對呂嘉問又多有不滿。王、呂之間，關係破裂。禦史中丞鄧綰，秉承據王雱（王安石子）意，彈劾呂惠卿在華亭縣借富民家錢置田產，由縣吏收租，“交結貪濁”。呂惠卿上章自辯，並羅列與王安石議論不合諸事，後罷政，出知陳州。章惇出知湖州。王安石複相後，變法派相互攻伐，四分五裂。王安石自己第一次罷相後，多少被削弱了變法初期那種一往無前的銳氣。此時，保守派勢盛，變法派消弱，神宗更加動搖，王安石無法扭轉政局。
熙寧九年（1076年）六月，王安石長子去世，王安石借機堅決求退，神宗於十月再次罷免王安石的相位，此後王安石便不問世事。
王安石被罷後，神宗繼續改革事業，號為“元豐改製”。元豐改製雖與熙寧變法並稱為“熙豐新法”，但改革力度無法同熙寧變法相提並論。伴隨著國力的增強，神宗將焦點轉移到外患上。他決心消滅西夏。熙寧五年（1072年）五月，神宗開始西征西夏，取得了勝利，也大大增強了神宗的信心。元豐四年（1081年）四月，西夏發生政變，神宗借此時機再次征討西夏，結果卻遭到慘敗。神宗因此一病不起。元豐八年（1085年）正月初，神宗立六子趙煦為太子。而神宗頒布的新法雖然曾短暫被其母高太後廢除，但不久又陸續恢複，不少甚至沿用到南宋時期。