有了自己的地盤和人馬，方臘建立自己的政權，他自號“聖公”，建元“永樂”，置官吏將帥，級別分為六等，以各種顏色的巾飾為別。
起義爆發後，兩浙路提點刑獄張苑急報朝廷，而宰相王黼不以為然，反而嚴厲斥責張苑“張皇生事”。義軍聲勢越來越大，兩浙路製置使張建派兵馬都監蔡遵、顏坦統精兵五千進剿青溪。方臘據險堅守，誘敵深入，在青溪縣息坑（今浙江淳安西）全殲官軍並斬殺蔡遵、顏坦。隨後，乘勝進取青溪縣，知縣陳光棄城而逃，俘獲縣尉翁開。起義軍很快發展到上百萬人，聲勢十分浩大，在短短三個月內，接連打下了歙州、杭州等六州五十二縣，包括今浙江省全境和安徽、江蘇南部、江西東北部的廣大地區，震動了整個東南。
義軍驟然興起，切斷了宋王朝的經濟命脈，趙佶驚恐萬狀。他一麵下詔“罪己”，令撤銷蘇、杭造作局和停運花石綱，罷黜朱勔父子兄弟的官職，妄圖鬆懈義軍的鬥誌；一麵派童貫任江、淮、荊、浙等路宣撫使，譚稹任兩浙路製置使，調集京畿的禁軍和陝西六路蕃、漢精兵約二十萬，南下鎮壓起義。
宣和三年正月，童貫到達江南後，依趙佶事先的布置，派兵進駐金陵（今江蘇南京）和鎮江（今屬江蘇）兩大重鎮，扼守江防。而後兵分兩路：東路由譚稹、王稟等統領，欲經蘇州、秀州進攻杭州；一路由劉延慶、劉鎮等分別率領，自宣州（治今安徽宣城）直進歙州。兩路軍約定會師於睦州。趙佶隨後又派郭仲荀、姚仲平另統一軍南下浙東，以為接應後援。
方臘占據杭州後，未采納太學生呂將的建議，先進兵江寧（今江蘇南京），搶占長江天險，阻止官軍過江增援，而是將主力調集到南麵，進攻婺州、衢州。這一戰略上的失誤，給官軍的大舉進剿提供了乘虛而入的有利時機，而起義軍自起兵以來在戰場上的主動權亦由此而喪失。