曾國藩於閏八月十二日上奏說，此時“戰守皆無把握”，“若皖南藩籬一壞，江西內地空虛，毫無足恃”，而皖北“彭甲三、李續宜皆將回籍，唐訓方新來，諸事且萃於微臣一人之身；疾疫之災既如彼，責任之重又如此”。因此，他請求朝廷“簡派在京親信大臣，馳赴江南，與臣會辦諸務”，“求德器遠勝於臣者主持東南大局，而臣亦竭力經營而左右之”。
他的意思是要“挽厄運而自己退居主持東南大局的次要人物的位置。這顯然是因為困難很大，而職責很重，擔心月盈則虧，趁早為脫身之計；同時，也是為了再一次試探清廷對自己的態度。所以閏八月二十一日的上諭，針對曾國藩的隱情，明確地表示：“此無可如何之事，非該大臣一人之咎。”並且溫旨慰留說：“環顧中外，才力氣量如曾國藩者，一時實難其選。”勉勵曾國藩在此“時勢艱難”的時候，“任以毅力，矢以小心，仍不容一息少懈”。
這一次，曾國藩又算爭得了主動權，使自己在困境中不致遭受朝廷的譴責，他接到這道上諭後，“讀之感激涕零”。
而當天京城破以後，曾氏兄弟的威望更是如日中天，達於極盛。曾國藩不但頭銜一大堆，且實際上指揮著三十多萬人的湘軍，還節製著李鴻章麾下的淮軍和左宗棠麾下的楚軍；除直接統治兩江的轄地，即江蘇、安徽、江西三省之外，同時節製浙江、湖南、湖北、福建以至廣東、廣西、四川等省也都在湘軍將領控製之下；湘軍水師遊弋於長江上下，掌握著整個長江水麵。滿清王朝的半壁江山已落入他的股掌之中。他還控製著贛、皖等省的厘金和幾省的協餉。時湘軍將領已有十人位至督撫，凡曾國藩所舉薦者，或道府，或提鎮，朝廷無不如奏除授。此時的曾國藩，真可謂位貴三公，權傾朝野，一舉手一投足而山搖地動。