三農問題的存在，對和諧經濟提出了挑戰。因為無論地區還是個人，初始條件、資源稟賦、能力智力方麵的差異，必將造成市場經濟下的不同競爭力。在這方麵，農民、農村、農業都很薄弱。
隨著市場機製不斷完善和發展，通過市場集聚社會財富的能力，會越來越向市場競爭力優勢者集中。市場越是成熟，就越會導致社會財富分配不公。更不用說，社會轉型期的市場製度不合理、政府職能不明確，更容易造成財富分配向少數人和少數地區集中現象。
對照和諧經濟的要求，解決三農問題的措施主要有以下4個方麵：
農民問題，本來不該成為問題
通常認為，農民是一種身份或職業。身份論認為，戶口簿上登記的是農業戶口就是農民；職業論認為，從事農業生產的人就是農民。細細推敲，這兩種意見都站不住腳。
不要無謂爭論一個模糊概念
農民是誰？誰是農民？看起來這是一個簡單問題，可實際上沒有幾個人搞得清。如果這個概念不厘清，解決三農問題就是一句空話。
首先，農民的概念是一個動態發展過程，不是終身製。
從身份論角度看，通過戶口簿來界定是否農民，犯了教條主義錯誤。因為三農問題的出現，罪魁禍首就是不合理的戶籍製度。而現在倒好，你還要用罪魁禍首來確定某人是否農民——從某種意義上說，就相當於確定某人“愚昧”、“落後”——在目前政府大力消除城鄉戶籍差別的今天，不是逆曆史潮流而動嗎？農民工在城市打工幾十年，他們及其後代都還是“農民”，這解釋得通嗎？
從職業論角度看，如果農民是一種職業，那麽“農民工”豈不是指“從事農業生產的工人”了嗎？農民工培訓、農民成人教育又怎麽理解呢？失地農民、資產上億元的農民企業家，戶口簿上登記的還是農業戶口，他們能稱為農民嗎？