光緒二年，阿古柏主力全線潰敗被滅，隻有白彥虎部落，僥幸逃脫投靠了占據伊犁河穀的俄軍，左宗棠的西征軍，已經基本上控製了真個南疆地區。這時候伊，犁河穀的沙俄國人知道左宗棠的下一個目標肯定就是他們，於是他們一邊加緊對清廷的施壓，一邊支持中亞其他國家的宗教勢力，秘密潛入南疆地區煽動當地人，繼續與左宗棠的征西軍作對。中亞國家素有政教合一的傳統，新疆地區的各族人民，因為中亞其他國家的往來較為頻繁，因此在思想上也多少有些受其影響。左宗棠及及其下屬的將士們，對於當地民眾的思想、習俗確實是不甚了解，因此在治理過程中，自然是更為困難。
常言道，守業更比創業難，左宗棠的西征軍，現在在南疆地區麵臨的就是這樣一種困境，穩固南疆遠比左宗棠之前想象得還要困難得多。可是，如果不將南疆地區徹底治理穩固，左宗棠也輕易不敢貿然出兵，強勢收複伊犁。否則，一旦南疆地區叛亂再起，西征軍必將腹背受敵。但同樣的，如果遲遲不能盡快收複伊犁，那麽西征軍在新疆地區待的越久，左宗棠的後勤保障壓力就越大，他現在真是進入了一種左右不是的兩難境地。饒是如此，左宗棠依然還是忍住心性，加強治軍，嚴格指示手下將士，大軍所到之處必須軍律嚴明、待民如子，堅決不能攪擾南疆百姓、不得橫征暴斂，務必不能犯民秋毫！畢竟，隻有民心所向，才能眾望所歸，這才是一個無堅不摧的穩固政權。
同時，左宗棠給遠在上海的胡雪岩致信，言明了眼下西征軍的困局，並希望胡雪岩再想辦法籌集更多軍費，言道：“西征之前，我原計劃最多在兩到三年內，收複南疆、伊犁等全部失地。然而，如今三年已過，南疆雖已平複，但伊犁仍在沙俄國人手中。新疆此地局勢複雜多變，想要收複伊犁，其困難程度遠比收複南疆更甚。因此我預計，想要從沙俄國人手中奪回伊犁，非有三五年時間不可。所以西征軍所需軍費，恐怕至少還需超二千萬兩左右。更可氣者，而今朝廷內怯戰者甚多，而又在蠱惑太後與沙俄國人和談。再加上，朝廷內部本就腐敗無比，朝廷以及朝廷攤派給各地省府原本答應撥給我西征軍的軍費，早已是一拖再拖、音訊了無，今後恐怕也是指望不上的。為兄別無他法，隻能仰仗賢弟為我分憂了。”