如前所述，熊子真講授“唯識學概論”到一半的時候，對過去的一些觀點和論說產生懷疑，將九萬字“唯識學概論”講義全部焚毀，重新撰寫講義，草創新唯識論。這一年，是他進入北京大學任教的第二年。不得不說，像熊子真這樣具有巨大的自我否定的決心和勇氣者，自古以來難找幾人。熊子真能夠做到，是因為他的骨子裏天生就有一種反叛精神。
正因這種精神，熊子真向來不盲從於別人的觀點，常常不惜與人爭執得麵紅耳赤。當年，與初相識的梁漱溟是如此，1923年，與新結交的同事林宰平、蒙文通也是如此。
林宰平，福建閩縣人，比熊子真年長7歲，早年留學日本，在東京帝國大學攻讀法政、經濟學。他學養深湛，多才多藝，不僅精通法律學，還精於國學、哲學、佛學、詩詞、書畫等。1907年，他來到北京，居住在宣南一帶。1910年，他主持尚誌學會日常工作，翻譯出版過四十多種各類科學書籍。進入20年代後，他開始兼任北京大學哲學係和經濟係講師，講授“民法要論”等課程，與熊子真成為同事，經常聚在一起，切磋學術，交流思想，成為無所不談的摯友。不過，他們每次見麵聚談，林宰平總是“詰難橫生”，而熊子真呢，則“縱橫酬對”，屋外很遠的地方都能聽到他們爭吵的聲音。每當這時，往往都是梁漱溟充當“裁判”，“間解紛難”。
熊子真與蒙文通之間的學術爭執也頗為有趣，爭得激烈時常常需要錢穆出麵調解。蒙文通，四川鹽亭縣人，比熊子真年輕9歲，也曾師從歐陽竟無學佛。錢穆在《玄圃論學集》中曾這樣回憶道：“時十力方為《新唯識論》，駁其師歐陽竟無之說，文通不謂然，每見必加駁難。”“惟餘時為十力、文通緩衝。又自佛學轉入宋明理學，文通、十力又必爭，又惟餘為之作緩衝。”