經濟結構變遷影響區域差距的原理主要可以從所有製結構、產業結構、城鄉結構和地區結構的變動方麵加以解釋。
(一)結構變動對我國區域差距的影響1.所有製結構變動引致的區域差距
所有製結構變化引致區域差距變化的主要原因是所有製結構變遷引起就業結構和分配結構的變化。
首先，在向市場經濟體製轉軌的過程中，所有製結構變動帶來就業結構的變動，引起失業率的變化，從而直接引致區域差距的擴大。計劃經濟向市場經濟轉型過程中會出現勞動力資源的重新配置和流動，轉型初期，國有經濟占總就業人口比重很高，而非國有經濟比重很低，總失業率也很低；在市場經濟轉型中，國有經濟占就業總人口的比重迅速下降，非國有經濟比重開始上升，但後者還無法吸納從國有經濟中分離出來的全部失業人口，因而失業人口激增，總失業率明顯上升。從我國實際情況看，勞動力供給過剩和失業、下崗情況較嚴重，且一個時期內還呈加速趨勢，非國有經濟在各地發展的情況有明顯的差別，就業問題也就呈現出明顯的區域差距。由於工資收入是居民收入的最主要來源，因此就業與否直接決定區域差距狀況，失業、下崗人數激增必然引致區域差距的擴大。
其次，在經濟轉型期，改革帶來所有製結構的變化和非國有經濟的充分發展，意味著資產所有權的變化及與之相關的資產收益權的變化，從而影響收入分配格局的變動。這方麵最早的論述源於亞當·斯密和馬克思關於傳統部門維持生計收入的假設和關於資本侵占勞動等思想，在私有經濟中，主要生產要素(資本)在個人或家庭中的分配決定了收入的分配。
我國經濟的市場化改革促進了多種經濟成分的發展和所有製結構的調整，所有製結構變化之所以引致區域差距的擴大，主要原因：一是各種所有製經濟成分的產權性質不同，其發展速度和經濟效率有明顯差異。姚洋從1995年工業普查資料中隨機抽取了14670家企業，對這些企業的技術效率進行了實證分析。結果表明，與國有企業相比，集體企業的技術效率高22％，私營企業高57％，國外三資企業高39％，港、澳、台三資企業高33％。二是國有企業改革進展仍較為緩慢，製度創新、體製轉換滯後。國有企業解雇冗員的權力受到各個方麵的製約和影響，使國有企業就業比重下降速度遠低於產值比重的下降速度，冗員情況嚴重。三是非國有經濟吸納就業的能力在一些地區受到各種政策如投資領域方麵的限製。以上因素綜合作用的結果是，各經濟成分就業結構與產值結構變動不盡一致，所有製結構的反差指數不斷擴大。1980年該指標為5.97％，到1997年驟升至33.37％，之後由於實行了“下崗分流、減員增效”措施，企業冗員情況得到一定緩解，結構反差程度也有所緩解，但1999年仍為23.9％。這種情況影響了國有企業職工收入的提高，失業率激增，大量下崗職工再就業困難，收入狀況明顯惡化，從而造成體製內外的區域差距。