為了一個功名，成年累月地過著膽戰心驚的日子，也真是讓人受不了，最後，家人終於答應了吳起元，讓他主動去衙門請求割除自己秀才這一功名，並聽從處置。
那時候的吳起元的文名和才智在他們那個地方早已是相當響亮了，當地的縣太爺，也早有耳聞，很是同情他的遭遇，再加上他的老師從中遊走講情，因此並沒有對他進行處置，也沒有革除他的秀才功名，還上報上級衙門準許他回原籍通州(今江蘇省南通市轄區之一)進行考試。當時的通州知州是孫雲錦。孫雲錦，字海岑，安徽桐城人，是鹹豐年間名滿江淮的名士，也是非常愛才的一個人，見吳起元人才出眾，更是出麵為他調解，將此事上報給江蘇學政，最後上報到了禮部，禮部同意吳起元重填履曆，撤銷控案，恢複通州原籍。1873年，吳起元被劃歸原籍通州，成為一名正言順的秀才，這才算是真正有了功名。
作為冷籍家庭，他們家也終於可以揚眉吐氣了，這也是多麽不容易的事啊。冒籍這件事是吳起元對這個社會感受最為深切的一件事，也使他深感恥辱的一件事。使他更加真切地感受到世態的炎涼，社會的殘酷，也使他更加地發奮努力，刻苦自勉。後來，他記述這件事道：
十八歲鄉試被擯，自慚所為文陋劣，乃師無錫趙先生。先生故製藝老師，則令盡棄前所學，令讀明人製藝，治王氏四書大全。初以為寂寞冷淡，棘棘不能人，臨期為文，則先生盡塗乙之，而督之益亟，逾半年乙漸少，漸令讀明季清初人製藝，治朱子或問語類，年餘乃稍年餘乃稍稍獲褒語，如是者三年。(張謇《張謇全集》)
當時善良的人們都認為才子吳起元以後的道路必然是平坦的，想他一定會順風順水，一步一步地很快走向高位。
然而，科考的路對於農家出身的吳起元來說，並不是那麽平坦的。雖然，他一開始科考的時候，走了一段平坦的路，然而，剛一擺平冒籍的事，又出現了非常坎坷的事。