通州(今江蘇省南通市轄區之一，下同)知州孫雲錦非常的賞識張謇的才學和智慧，屢屢有用他之心，因此在幫張謇了結冒籍案之後的第二年，孫雲錦被朝廷調往江寧任發審局委員，便邀請張謇和自己一同赴任，作自己的幕僚，遇事可以在一起商討，也可以在一起切磋學問。對於這件事，張謇和他的家人當然是很高興的了，跟著一位當官的，強過在農村一邊幫家裏幹活一邊讀書。他跟著孫雲錦大人一邊可以幫大人做事，一邊可以讀書做學問，還熟悉了官場，增長了見識，為日後自己踏上仕途做準備。按傳統的觀念，由科舉進入官場才是讀書人最為理想的出路，其次才是充當軍政大吏的幕僚。不管怎麽樣，這給了張謇一個很大的幫助，讓張謇感動得無可覆加，此後他把孫雲錦當成了自己的恩人。
張謇在孫雲錦這裏的主要工作就是伴著他的兩個兒子讀書學習，孫雲錦給他的月薪是十金。
張謇跟著孫雲錦到了江寧，這可是省城，比起他的家鄉通州，那可讓他眼界大開。張謇來之後沒多長時間，便投考了設在此處的幾所很有名的書院。從唐朝便開始的書院，聚集著許多的名士，他們跟學生有時個別鑽研，有時互相問答，有時集中講解，深入探討儒學經典，對中國學士的發展有著非常大的影響。張謇曾投考李小湖的鍾山書院和薛慰農的惜陰書院，皆是以出類拔萃的成績考取的。孫雲錦還介紹他與鳳池書院院長張裕釗認識，此三位學院掌院皆為當時國內最有影響力的學者，張謇經過他們的點撥，學問更是月增日進，他在這裏學習了《史記》、《漢書》、《後漢書》、《三國誌》、《通鑒》、《文選》和唐朝的文辭詩賦等，還研究了《周易》、《詩經》、《尚書》和《禮記》等經典文獻的注疏說文。